基于RNA-Seq的甘蔗主茎和分蘖茎转录组建立及初步分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 罗含敏

作者： 罗含敏;陈荣发;黄杏;陈忠良;范业赓;陈栋;李杨瑞;吴建明

作者机构：

关键词： 甘蔗(Saccharum officinarum L.);RNA-Seq;转录组;Unigene SSR;差异表达基因

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2018 年 03 期

页码： 1271-1279

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究以甘蔗与斑割复合体杂交F1代中1个株系在主茎和分蘖茎的节间长度存在明显差异的植株为实验材料,利用RNA-seq测序技术对甘蔗主茎(节间短)和分蘖茎(节间长)叶片样品RNAs进行了转录组测序并进行从头组装分析。结果表明,共获得测序数据量11.16Gb,其中甘蔗主茎(BG-stalk)为5.67Gb,分蘖茎(BG-tiller)为5.49Gb。去冗余后,denovo组装得到69204条Unigene,并对这些Unigene进行七大功能数据库(NR,NT,GO,COG,KEGG,Swissprot和Interpro)注释,结果发现,有83.73%(57942条)的Unigene得到注释,16.27%(11262条)的Unigene未被注释。所有的Unigene共有9156个SSR(simple sequence repeat)位点,其中三核苷酸重复最多、四核苷酸重复最少,且CCG/CGG出现的频率最高。差异表达基因分析显示,分蘖茎(BG-tiller)样品表达的上调基因有1842个,下调基因的有2663个。进一步对这些差异表达基因进行GO和Pathway功能分类分析,分别获得57个功能小组和19条生物通路。本研究对甘蔗主茎和分蘖茎叶片转录组信息进行初步分析,获得了分蘖茎表达上调和下调的差异基因,为后面进一步分析调控甘蔗节间长短差异的基因及挖掘甘蔗分蘖生育调控相关基因提供数据参考。

分类号： S566.1

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