北京鸭腹部脂肪组织的转录组特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈黎

作者： 陈黎;李国勤;田勇;沈军达;陶争荣;徐坚;曾涛;卢立志

作者机构：

关键词： 基因表达;可变剪切;单核苷酸多态性;脂肪组织

期刊名称： 浙江农业学报

ISSN： 1004-1524

年卷期： 2016 年 28 卷 05 期

页码： 743-747

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 鸭的基因组序列虽已释放,但其基因组信息,尤其是转录组信息仍需进一步开发。文章利用转录组测序分析了鸭的腹部脂肪组织转录组特征。共获得203 200 984个高质量测序数据,鉴定出18 464个基因表达(RPKM≥1),其中96.9%的基因RPKM值小于1 000。15 070个基因发生了可变剪切,剪切次数为35 913次。统计可变剪切类型发现,内含子保留所占比例最低,占所有可变剪切类型的1.17%,而第一外显子可变剪切、末端外显子可变剪切、外显子跳跃依次是3种比例最高的可变剪切类型,比例分别为45.92%,43.67%和6.23%。此外,利用这批转录组数据共检测出229 276个SNPs,其中转换是最主要的突变类型,占所有SNPs的73.28%。对SNP所在基因进行功能注释(GO)发现,这些基因涉及细胞组分、分子功能、生物学过程3大功能类别中广泛的生物功能,表明该研究开发的SNPs较为全面;通路分析(KEGG)发现,SNPs所在基因除了富集于脂类、能量代谢相关通路,更多的基因则富集于癌症、免疫以及内分泌系统相关的通路上,表明脂肪组织除了是能量储备组织,同时也是重要的免疫、内分泌组织。这些数据拓展了鸭的遗传信息,建立的SNPs数据库将有助于鸭分子标记辅助育种及功能基因定位。与癌症、免疫相关的SNPs可为癌症及免疫学研究提供候选遗传标记。

分类号： S834

  • 相关文献

[1]绵羊胎盘生长因子基因可变剪切异构体克隆与表达分析. 张立春,李梦姝,柳俭强,云巾宴,曹阳,朴庆林,金海国. 2019

[2]黑龙江省4个主栽水稻品种GS3基因克隆及表达模式分析. 张擘,杨学文,赵北平,郑福余,孙中义,孟庆英,吴立成,肖明纲. 2023

[3]大通牦牛PDGFD基因克隆、生物信息学及组织表达谱分析. 李歆怡,王福彬,黄纯,马晓明,喇永福,褚敏,郭宪,阎萍,潘和平,梁春年. 2023

[4]绵羊KITLG基因的表达及其多态性与产羔性状关联分析. 张军霞,乐祥鹏,王维民,谢云龙,王志兰,张娜娜,胡瑞雪,孙武,邓颖,李发弟,喇永富. 2017

[5]绵羊BMPR1A基因组织表达及其多态性 与产羔数的关联分析. 文禹粱,郭晓飞,马琳,张效生,张金龙,赵生国,储明星. 2020

[6]绵羊VEGF-B基因可变剪切体克隆与鉴定. 张立春,李梦姝,张珈溯,云巾宴,柳俭强,曹阳,金海国,夏广军. 2020

[7]三疣梭子蟹IAG基因结构及不同剪切体时空表达. 兰伟康,李光,高保全,刘萍,吕建建. 2023

[8]昆虫性别决定机制研究进展. 刘雅婷,谢文,张友军. 2015

[9]一个水稻早衰突变体基因的精细定位. 赵春德,张迎信,刘群恩,余宁,程式华,曹立勇. 2014

[10]绵羊VEGF-C基因可变剪切体克隆与序列分析. 张立春,李梦姝,曹阳,孙福亮,朴庆林,金海国,张明新. 2018

[11]药食兼用植物黄蜀葵全长转录组测序及特性分析. 叶广英,王再花,刘海林,李杰. 2023

[12]UV-C处理穿心莲转录组分析及穿心莲内酯合成相关基因挖掘. 孙铭阳,徐世强,李静宇,顾艳,梅瑜,张闻婷,周芳,王继华. 2022

[13]环状RNA的研究进展. 张潆月,马月辉,赵倩君. 2017

[14]绵羊皮肤组织VEGF-A基因可变剪切体存在的证实与鉴定. 张立春,李梦姝,柳俭强,曹阳,孙福亮,朴庆林,金海国,张明新. 2019

[15]穿心莲全长转录组测序及特性分析. 孙铭阳,徐世强,顾艳,梅瑜,周芳,李静宇,王继华. 2021

[16]谷子SiPRR73基因在不同光温组合条件下的可变剪切分析. 王晓蒙,李剑峰,刘辉,王永芳,张小梅,王振山,桑璐曼,闫留延,龚珂珂,李兴杰,董志平,贾小平. 2023

[17]水稻基因OsAFC2参与mRNA可变剪切调控. 梁蒙,张艳,徐妙云,张兰,王磊. 2016

[18]猪脂肪组织酵母双杂交文库的构建及质量鉴定. 陈俊峰,王璟,张家庆,高翔,白献晓,任巧玲,高彬文,马强,郭红霞. 2016

[19]猪前体脂肪细胞的培养方法及生物学特征研究. 马红. 2009

[20]绵羊前体脂肪细胞的分离培养及诱导分化. 崔京京,富俊才,孙岩,陈东. 2012

作者其他论文 更多>>

微信小程序