草鱼羧肽酶A1基因(CPA1)部分片段的单核苷酸多态性(SNP)多态性及其与生长性状的关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 曹婷婷

作者： 曹婷婷;白俊杰;于凌云;樊佳佳

作者机构：

关键词： 草鱼;单核苷酸多态性(SNP);羧肽酶A1;基因型;生长关联分析

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN： 1674-7968

年卷期： 2012 年 20 卷 03 期

页码： 301-307

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 羧肽酶A(EC3.4.16)是一类水解蛋白和多肽底物C端芳香族氨基酸或脂肪族氨基酸残基的消化酶。在草鱼生长相关的功能基因上研究单核苷酸多态性(SNP)与生长的相关性可为草鱼的分子辅助育种提供依据。本研究根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库的羧肽酶A1基因(CPA1)重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到2个颠换SNP位点:C+412A和A36C,分别位于CPA1基因外显子5的34bp和内含子3的36bp处,前者为错义突变。然后用一个群体的296尾草鱼对这2个位点用SnaPshot的方法进行检测和分型,统计基因型频率:A36C位点的AA基因型占26.7%,AC基因型占52.0%,CC基因型占21.3%。C+412A位点的AA基因型占15.5%,AC基因型占40.5%,CC基因型占43.9%。利用一般线性模型分析2个SNP位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系。关联分析结果显示,C+36A位点不同基因型在体质量、眼间距均值上存在显著差异(P<0.05)。并且AA基因型和CC基因型在体质量、体长、体宽和眼间距上存在显著差异(P<0.05)。AA基因型各项指标均值显著高于CC基因型。C+412A位点在体质量等生长性状上差异不显著(P>0.05),该位点和生长不相关,但是CC基因型和AC基因型在体重和肛前距上差异显著(P<0.05),该位点CC基因型的6个生长性状均值都高于AA基因型。由两个位点组成的5种双倍型在体质量上存在显著差异(P<0.05)。双倍型D3和D5在体质量上存在差异显著(P<0.05)。双倍型D3和D8在体质量、体宽、体长、体长/头长等生长性状上都存在显著差异(P<0.05)。D3的各项指标均值最高,D8的各项指标均值最低。本研究结果显示,可以考虑将草鱼CPA1基因作为候选基因,用于草鱼的分子辅助育种。

分类号： S917.4

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