乌珠穆沁绵羊RIPK2基因多态性与生长性状的关联

文献类型： 中文期刊

第一作者： 马晓萌

作者： 马晓萌;轩俊丽;王慧华;袁泽湖;吴明明;朱才业;刘瑞凿;魏彩虹;赵福平;杜立新;张莉

作者机构：

关键词： RIPK2基因;生长性状;多态性;关联分析;乌珠穆沁绵羊

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2016 年 49 卷 07 期

页码： 1391-1407

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】基于前期绵羊肉用性状GWAS研究结果,旨在探讨RIPK2基因对乌珠穆沁绵羊生长性状的影响,找到该基因中与绵羊生长性状相关的分子标记,同时对GWAS结果进行验证。【方法】在343只乌珠穆沁绵羊试验群体中,选取其中30个个体的血液DNA样本,以相同浓度组成池DNA,设计引物对RIPK2基因外显子及其上下游1 000bp的调控区进行PCR扩增,PCR产物检测为目的条带后测序。使用DNAMAN和Chromas2软件对测序峰图进行分析,采用飞行质谱方法对检测到的SNP位点及前期GWAS得到的SNP位点进行基因型分型。使用Haploview软件对多态位点构建单倍型及连锁不平衡分析。使用SPSS(22.0)软件进行RIPK2基因SNP位点与生长性状间的关联分析。【结果】共发现了4个多态位点,A5536G的同义突变rs01位于第四外显子内,在该位点检测到三种基因型,AA基因型频率为0.42,AG基因型频率为0.45,GG基因型频率为0.13,优势等位基因为A,其频率为0.65;在第七外显子上检测到T8952C错义突变rs02,在该突变位点检测到3种基因型,其中TT基因型频率为0.82,TC基因型频率为0.16,CC基因型频率为0.02,T为优势等位基因,基因频率为0.9;在第十外显子检测到T2836C的突变rs05,在该位点检测到两种基因型TT和CC,没有检测到杂合子基因型,TT基因型频率为0.25,CC基因型频率为0.75;上游调控区发现一个G5181C的突变rs30,有3种基因型,其中GC基因型频率为0.50,CC基因型频率为0.18,GG基因型频率为0.32,G为优势等位基因,其频率为0.58;GWAS得到的SNP位点是T4456C,在本研究中被命名为rs34,在该位点有3种基因型,其中TT基因型频率为0.49,TC基因型频率为0.37,CC基因型频率为0.14,优势等位基因T的频率为0.68。χ~2适合性检验发现,除rs34位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。rs02位点处于低度多态(PIC<0.25),其余位点处于中度多态(0.25

分类号： S826

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