基于卵形鲳鲹基因组重测序的InDel标记挖掘与耐低氧性状关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 伞利择

作者： 伞利择;刘宝锁;张楠;郭梁;郭华阳;朱克诚;张殿昌

作者机构：

关键词： 卵形鲳鲹;InDel;重测序;耐低氧性状

期刊名称： 南方水产科学

ISSN： 2095-0780

年卷期： 2022 年 18 卷 005 期

页码： 100-109

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 卵形鲳鲹(Trachinotusovatus)是高耗氧率的鱼类,低氧极易导致其死亡.筛选其耐低氧性状InDel分子标记并挖掘影响耐低氧性状的功能基因,可为选育具有较强耐低氧能力的卵形鲳鲹提供有益指导.利用全基因组重测序技术分析了卵形鲳鲹基因InDel差异,挖掘卵形鲳鲹与耐低氧性状显著关联的InDel位点,并探讨了与耐低氧性状相关的候选基因.结果表明,测序共获得693.48 Gb数据,其中Q30的平均值为90.8%,注释分析发现了共2 574 178个InDel位点.敏感组50尾卵形鲳鲹所特有的InDel共249 395个,其中2 209个位于外显子上,在核苷酸切除修复信号通路和细胞黏着分子中存在变异基因.将InDel位点与耐低氧性状关联分析发现,3个InDel位点(InDel 22883061、InDel 24919481和InDel 14451779)接近显著性阈值,注释分析获得了9个候选基因.筛选到的InDel位点对后期分子标记选择育种的选择和鉴定有重要价值,注释到的候选基因为卵形鲳鲹耐低氧的机理研究提供了基础和依据.

分类号： S917.4

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