口蹄疫病毒分型诊断芯片探针设计初报

文献类型： 中文期刊

第一作者： 相磊

作者： 相磊;陈小玲;李伍举;梁之昶;章振华;王学文;胡国良;徐福洲;石岗

作者机构：

关键词： 口蹄疫病毒;血清型;基因型;VP1基因;基因芯片;寡核苷酸探针

期刊名称： 动物医学进展

ISSN： 1007-5038

年卷期： 2008 年 29 卷 02 期

页码： 1-5

收录情况： 北大核心

摘要： 为建立口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)不同血清型与基因型的基因芯片检测方法,设计针对O型8个基因型、A型3个基因型和亚洲1型的特异性探针。从美国GenBank与英国世界口蹄疫参考实验室基因库下载了O型、A型和亚洲1型FMDV的VP1基因序列547条。对每一血清型序列用DNA Star软件ClastalW程序进行多重比对,做系统发育分析并进行基因分型。用生物学软件BioSun 2.0建立基因型数据库,设计每一基因型的特异性探针。共设计出104条候选探针,通过芯片试验筛选出12条特异性探针。以各型特异性探针所对应的靶序列模板做10倍系列稀释进行PCR扩增,扩增产物与探针杂交,验证各探针的灵敏度。对O型SEA、Euro-SA、ME-SA、WA 4个基因型的各条探针的灵敏度进行了检验,结果这些探针能够检测到102数量级拷贝数的阳性靶标。

分类号： S854.4

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