棉籽大小数量性状核苷酸定位及候选基因初步筛选

文献类型： 中文期刊

第一作者： 乔丹

作者： 乔丹;白冰楠;葛群;刘小芳;栾玉娟;牛皓;龚举武;巩万奎;闫浩亮;李俊文;刘爱英;石玉真;Elsamman Elameer;陈全家;袁有禄

作者机构：

关键词： 陆地棉;棉籽大小;全基因组关联分析;重组自交系群体;单核苷酸多态性;数量性状核苷酸;候选基因

期刊名称： 中国棉花

ISSN： 1000-632X

年卷期： 2024 年 004 期

页码： 25-34

摘要： 棉籽是陆地棉（Gossypium hirsutum L.）生物产量的重要决定因素之一，棉籽大小影响种子的生长发育，最终影响籽棉产量。为发掘控制棉籽大小的遗传位点和候选基因，以中国农业科学院棉花研究所培育的陆地棉ZR014121和EZ60为亲本构建了200个重组自交系（recombinant inbred line, RIL）的群体，在2年2个地点（河南省安阳县、河北省威县）对棉籽粒长、粒宽、籽粒面积、籽粒周长、籽粒圆度和籽指这6个棉籽大小相关性状进行表型鉴定，结合液相芯片基因分型RIL群体得到的高质量单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）数据进行全基因组关联分析（genome-wide association study, GWAS），挖掘控制相关性状的数量性状核苷酸（quantitative trait nucleotide, QTN）位点并筛选候选基因。结果发现：在4个环境下，6个棉籽大小性状的表型数据均符合正态分布，除籽粒圆度外，其他性状均呈显著正相关，且在RIL群体中存在丰富的表型变异，变异系数范围为3.46%～10.82%。GWAS共检测到47个与6个棉籽性状关联的SNP位点，分布于21条染色体上，其中有8个SNP位点在2个或2个以上环境中能被稳定检测。通过分析置信区间内基因的功能和转录组表达数据，初步推测Gh＿D05G1018和Gh＿A10G1731为控制棉籽生长发育的候选基因。这些研究结果为棉籽大小相关性状的遗传改良奠定基础。

分类号： S562

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