深度测序鉴定绵羊microRNA转录组

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张世芳

作者： 张世芳;魏彩虹;陆健;张小宁;周鑫磊;张淑珍;王光凯;曹家雪;赵福平;张莉;杜立新

作者机构：

关键词： Solexa测序;Texel绵羊;背最长肌;microRNA转录组

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2013 年 40 卷 09 期

页码： 19-22

收录情况： 北大核心

摘要： 本研究采集的Texel绵羊胎儿的背最长肌样品包括5个发育阶段:70、85、100、120和135 d。通过采用Solexa测序技术对混池样品进行了microRNA(miRNA)深度测序,获得了16532850条原始序列读数。使用ACGT101-miR v4.2分析软件对miRNA测序数据进行了深度发掘;通过与最新的哺乳动物成熟miRNA序列(miRNA数据库:miRBase v17.0)、miRNA前体序列、绵羊基因组序列(绵羊基因组数据库,2010年2月)的比对分析,对绵羊microRNA转录组数据库进行了大幅更新,pre-miRNA(miRNA前体)序列增至1529条,编码的miRNA成熟体序列增至1999条。通过实时荧光定量PCR技术对深度测序获得的5个miRNA在混池样品中进行了验证。绵羊miRNA的研究起步较晚,而miRNA的发现与鉴定将促进基因调控机制及miRNA功能的研究。

分类号： S826

  • 相关文献

[1]Texel和乌珠穆沁绵羊妊娠中后期胎儿背最长肌中AKT基因的发育表达模式. 张小宁,陆健,任航行,魏彩虹,张莉,赵福平,杜立新. 2012

[2]转IPT基因棉花衰老相关基因的差异表达分析. 赵佩,高成香,张娜,阴祖军,刘玉栋,沈法富. 2012

[3]辽宁绒山羊绒直径相关基因的筛选. 于永生,曹阳,朴庆林,罗晓彤,金海国. 2014

[4]陆地棉花粉母细胞时期microRNAs分析. 吴建勇,邢朝柱,郭立平,戚廷香,王海林. 2011

[5]利用Solexa测序技术发掘木薯microRNAs. 张何芳,陈新,卢诚,章伟雄,王文泉. 2012

[6]猪肌肉组织表达序列标签(ESTs)的分析. 王秀利,仇雪梅,刘娣. 2007

[7]育成期日粮营养对育肥皖南牛背最长肌部位肉常规营养物质含量的影响. 张兴隆,杨永在,王长水,曹兵海. 2015

[8]育成期营养水平对育肥皖南牛背最长肌不同部位肉品质的影响. 张兴隆,杨永在,王长水,曹兵海. 2014

[9]基于RNA-Seq技术挖掘绵羊背最长肌肉质性状相关基因. 王位,付绍印,何小龙,王艳欣,王月星,王标,刘斌,刘永斌,张文广. 2018

[10]五指山猪肌肉组织lncRNA和mRNA的鉴定与分析. 晁哲,王林杰,吴望军,孙瑞萍,刘海隆,郑心力. 2020

[11]福清山羊与努比亚黑山羊背最长肌比较转录组分析. 刘远,李文杨,吴贤锋,黄勤楼,高承芳,陈鑫珠,张晓佩. 2019

[12]IGF-1基因在滩羊不同部位肌肉组织中表达研究. 马丽娜,蒋秋斐,于洋,额尔和花. 2021

[13]河西肉牛脂肪酸成分比较及主成分分析. 郑娅,王晓璇,胡生海,田甲春. 2021

[14]滩羊和湖羊背最长肌全基因组甲基化差异分析. 岳彩娟,梁小军,王秀琴,马青,马吉锋,张俊丽,王晓薇,额尔和花. 2020

[15]不同蛋白能量水平饲粮对黄渠桥羊羔背最长肌脂肪酸组成及含量的影响. 施安,张俊丽,马小明,于洋,李聚才. 2020

[16]甜高粱和玉米青贮对肉羊肌纤维组织及其 相关肉质性状的影响. 王婷,侯明杰,尚占环,王虎成. 2018

[17]松辽黑猪背最长肌持水力相关基因的研究. 张树敏,于永生,李娜,李兆华. 2015

[18]松辽黑猪背最长肌持水力相关基因的分析. 于永生,刘庆雨,李娜,罗晓彤,李兆华,张树敏. 2016

[19]欧拉型藏羊肉理化及近红外光谱特性研究. 王振宇,王培培,陈丽,饶伟丽,张德权. 2012

[20]滚揉对成熟过程中羊肉品质的影响. 胡鹏,汝医,王维婷,王守经,柳尧波. 2017

作者其他论文 更多>>

微信小程序