粳糯谷胚乳灌浆期差异表达基因富集分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李强

作者： 李强;李涛;郭世华;白玉婷;李星聪

作者机构：

关键词： 粳谷;糯谷;酶活性;灌浆期;转录组;RT-qPCR

期刊名称： 分子植物育种

ISSN：

年卷期： 2021 年 013 期

页码： 4198-4205

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 小米直链淀粉与支链淀粉的含量是影响蒸煮和食味品质的重要性状。粳谷和糯谷在籽粒灌浆期淀粉合成的途径和成分不同。利用高通量测序技术Illumina Hiseq4000对糯谷‘公谷68’和粳谷‘赤谷4号’（灌浆期第1天和第5天）未成熟籽粒进行转录组测序。结果表明:（1）糯谷和粳谷GBSSⅠ酶活性均呈低-高-低的趋势,二者活性大小存在一定差异。糯性品种‘公谷68’灌浆期第5天与第1天筛选出665个上调差异表达基因,上调基因较下调基因多431个;粳性品种‘赤谷4号’灌浆期第5天与第1天上调基因较下调基因多97个。（2）糯谷A2-VS-A1比较组差异基因GO富集在生物过程和分子功能,如种子油体生物发生、17-β-酮类固醇还原酶活性等7个功能;粳谷B2-VS-B1差异基因GO富集在光系统Ⅰ中的光捕获、色素结合等8个功能。（3）糯谷A2-VS-A1差异基因KEGG主要富集于咖啡因代谢、亚油酸代谢、花青素的生物合成和黄曲霉毒素生物合成途径,粳谷B2-VS-B1差异基因KEGG主要富集在光合作用-天线蛋白、亚油酸代谢、咖啡因代谢、油菜素类固醇生物途径,粳糯两个比较组富集过程均包括咖啡因代谢和亚油酸代谢途径。（4）糯谷和粳谷两个比较组中分别筛选到3个（SSⅡ-3, PHO1, AS）和4个（PHO1-1, AS, AGP16, WAX）差异较大且与胚乳粳、糯性相关的基因。以Actin （Si001873）为内参基因,将上述7个差异基因进行RT-qPCR验证,与转录组结果相吻合,说明差异基因与胚乳粳糯性相关。

分类号： S515

  • 相关文献

[1]贵紫麦1号籽粒色素形成相关基因的差异表达. 徐熙,任明见,李鲁华,杨喜翠,徐如宏. 2018

[2]水氮供应对灌浆期冬小麦籽粒淀粉合成相关酶活性及产量的影响. 李双,司转运,申孝军,高阳,段爱旺. 2018

[3]'中烟100'根系响应镰刀菌侵染的转录组数据分析及生理生化变化研究. 赵凤霞,米琳,丁燕芳,宋学立,何嘉,孙小瑞,徐沛瑶,王海涛. 2021

[4]BMP6基因在单、双羔蒙古羊不同生理时期卵巢组织中的差异表达及分析. 杨燕燕,杜文,刘永斌,达来,王标,青格勒,周璇,何亭漪,乌达巴拉,田瑛. 2017

[5]种球包衣剂防治魔芋软腐病试验研究. 杨群辉,何翔,杨佩文,毕云青,张庆,曾波,任思宇,施竹凤,杨明英,谢美华. 2020

[6]不同日龄和羽型太行鸡卵巢繁殖调控基因的表达分析. 张乐超,王晗,张秀玲,王麒,周荣艳,李兰会,李祥龙. 2019

[7]双孢蘑菇内参基因的筛选与矫正. 赵建霞,沈颖越,冯伟林,金群力,宋婷婷,范丽军,蔡为明. 2019

[8]梨小食心虫几丁质合成酶1基因的克隆与表达分析. 杨静,高越,刘中芳,张鹏九,樊建斌,牛国飞,韩召军,范仁俊. 2017

[9]棉花根系分泌物对枯草芽胞杆菌NCD-2菌株趋化性的影响. 董丽红,郭庆港,张晓云,赵卫松,王培培,苏振贺,鹿秀云,李社增,马平. 2019

[10]PhoR/PhoP双组分系统对枯草芽胞杆菌NCD-2菌落形态和芽胞形成的影响. 郭庆港,王培培,董丽红,苏振贺,张晓云,宋健,赵卫松,鹿秀云,李社增,马平. 2019

[11]iTRAQ蛋白质组学分析揭示西瓜响应CGMMV胁迫的蛋白质. 张慧青,孙玉燕,那冬晨,范敏. 2021

[12]利用ZmPR1a基因表达量快速筛选玉米抗纹枯病品种资源. 陈斌,韩海亮,侯俊峰,王桂跃,赵福成. 2021

[13]L-脯氨酸对枯草芽胞杆菌NCD-2菌株生物膜形成的影响. 赵卫松,郭庆港,董丽红,王培培,张晓云,苏振贺,鹿秀云,李社增,马平. 2021

[14]Perilipin基因在羊不同肌肉组织中的表达研究. 田瑛,达来,何小龙,王标,刘永斌,付绍印. 2017

[15]马铃薯S病毒RT-qPCR通用检测体系的建立与应用. 程胜群,吕文河,高艳玲,白艳菊,范国权,张威,张抒,邱彩玲,申宇,董学志,白雅梅. 2020

[16]巴哈雀稗PnDREB2基因克隆及时序表达图谱构建. 张宇君,王普昶,赵丽丽,曾庆飞,张雄,陈超,董瑞. 2019

[17]XTH基因家族在'妃子笑'荔枝花穗不同处理方式的表达分析. 董晨,魏永赞,王弋,郑雪文,李伟才. 2021

[18]不同类型柑橘中黄脉病毒衣壳蛋白基因的保守性及复制水平. 陈洪明,马丹丹,金鑫,李太盛,邓雨青,刘翠花,吴强,李中安,周彦. 2017

[19]一种快速简便的伪狂犬病病毒EP0基因RT-qPCR检测方法的构建. 张丽荣,阮可悦,童武,李国新,高飞,单同领,于海,童光志,郑浩. 2022

[20]叶用芥菜叶缘裂刻的功能优势探究及其候选基因验证. 滕九翠,邓英,唐兵,陶莲,王青青,归俊娥,曹冰东,杨巍,李魁印,宋莉,付文苑. 2022

作者其他论文 更多>>

微信小程序