鸡产蛋期剩余采食量的随机回归分析及遗传标记筛选

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郭军

作者： 郭军;邵丹;窦套存;马猛;卢建;胡玉萍;王星果;王强;李永峰;郭伟;童海兵;曲亮

作者机构：

关键词： 剩余采食量;随机回归模型;遗传力;重复力;全基因组关联分析

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2024 年 57 卷 022 期

页码： 4568-4577

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】以GWAS方法分析剩余采食量（residual feed intake, RFI）随机回归模型多项式系数，解析产蛋期RFI遗传结构，为选育蛋鸡RFI研究奠定基础。【方法】数据采集自东乡绿壳蛋鸡-白来航鸡F2分离群体。收集体重、蛋重、产蛋数和采食量数据，依据Koch方法分别计算40周龄、60周龄剩余采食量。采集1 534只F2代产蛋鸡血液样本，酚仿法提取基因组DNA，以600 K基因芯片进行基因分型。SNPs数据经质量控制后，进行基因型数据填充，并确定分离群体主成分。以随机回归模型分析分离群体方差组分及遗传参数。利用Gemma软件以混合线性模型分析随机回归模型多项式系数，从而获得RFI关联的SNP位点。对显著性位点进行基因注释。针对RFI多项式系数伪表型数据，计算染色体遗传力和单倍型片段长度。【结果】随机模型固定效应、加性遗传效应以及永久环境效应宜嵌入二阶勒让德多项式，残差做同质化处理。鸡产蛋期剩余采食量属于中等遗传力性状，遗传力范围为0.23—0.32，随周龄增加而增加；重复力为0.63—0.68，表明通过3—4次重复测量可准确估计RFI表型值；随着周龄间隔增加，RFI遗传相关系数、表型相关系数呈现逐渐递减；加性遗传矩阵多项式系数第一主成分占96.12%。产蛋期剩余采食量GWAS分析的膨胀系数为1.026，表明线性混合模型中的主成分已经消除潜在的层化结构。鸡5号染色体NAV2基因附近检测到与产蛋期RFI显著关联的QTL遗传座位，在显著性SNP之下有11个支持位点超过基因组潜在水平线。显著性SNP可解释1.73%的表型方差，单倍型片段长度达到286 kb。此外，鸡12号、27号染色体也检测到基因组潜在水平SNP，其中27号染色体上的潜在水平位点位于NGFR上游。染色体遗传力与染色体长度呈正比关系，表明RFI受微效多基因控制。【结论】应用随机回归模型解析了产蛋期RFI遗传参数；以多项式系数为GWAS表型数据，筛选得到NAV2基因多态性与产蛋期RFI显著关联。

分类号： S831

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