基于RAD-Seq简化基因组测序分析琅琊鸡的遗传进化

文献类型： 中文期刊

第一作者： 殷建玫

作者： 殷建玫;朱云芬;李国辉;张会永;薛倩;周成浩;蒋一秀;苏一军;韩威

作者机构：

关键词： 琅琊鸡;简化基因组测序;遗传进化;选择信号

期刊名称： 中国家禽

ISSN： 1004-6364

年卷期： 2023 年 005 期

页码： 19-23

收录情况： 北大核心

摘要： 为在基因组水平上探讨琅琊鸡的遗传进化，试验以琅琊鸡与其他22个地方鸡品种资源及2个国外引进品种为研究对象，利用简化基因组测序（RAD-seq）鉴定25个品种基因组SNP，计算琅琊鸡的遗传统计量，分析遗传多样性和遗传结构，基于Fst选择信号检验方法，筛选受选择基因并进行功能富集分析。结果显示：在琅琊鸡群体中鉴定出299 648个SNPs，琅琊鸡的平均杂合度（Ho）为0.220，核苷酸多样度为0.266，近交系数为0.173；琅琊鸡与汶上芦花鸡、元宝鸡、天津猴鸡和狼山鸡聚为一类，亲缘关系较近。共筛选出113个受选择基因，受选择基因主要富集在谷氨酸受体活性、钙黏蛋白结合、4铁，4硫团簇结合、G蛋白偶联谷氨酸受体信号通路等生物学过程，主要参与柠檬酸循环（TCA循环）、代谢、类固醇激素生物合成等信号通路。研究表明，选择作用主要影响琅琊鸡的繁殖性状、适应性免疫和代谢等，结果为琅琊鸡的品种保护、鉴定评价及开发利用提供分子理论支撑。

分类号： S831.2

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