文献类型： 中文期刊
第一作者： 刘栓桃
作者： 刘栓桃;张志刚;王立华;李巧云;赵智中;卢金东;王淑芬;徐文玲;刘贤娴;刘辰
作者机构：
关键词： 大白菜;活动hAT超家族转座子;BraD8/BraD8-类元件;转座子插入突变;真核生物翻译起始因子异构体(eIF(iso)4E.c)
期刊名称： 农业生物技术学报
ISSN： 1674-7968
年卷期： 2017 年 11 期
页码： 1791-1798
收录情况： 北大核心 ; CSCD
摘要： 转座子是基因组中一段可移动的DNA序列,其有时可以创造突变,也可以使突变回复。在检测12份大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)材料的真核生物翻译起始因子异构体(isoform of eukaryotic translation initiation factor 4E,eIF(iso)4E.c)的基因组序列多样性时,从两份材料即大秦白(DaQinBai)和826的eIF(iso)4E.c第3内含子中发现了1个长达3 195 bp的大插入片段。生物信息学比对发现,该大片段插入导致插入靶位点两侧有8 bp的正向重复、同时大片段两侧有17 bp的反向重复,这一结构特征与h AT超家族转座子非常吻合。在线工具预测发现,该大片段包含1个由两个外显子组成的编码框,预测的编码产物是1个含DUF659结构域的蛋白,该结构域出现在很多具有转座酶功能的蛋白中,由此推测该大片段是1个活动的转座子,由于其来自大白菜自交系大秦白和826,故将其命名为BraD8。将BraD8的全序列在大白菜基因组数据库(the Brassica database,BRAD)比对,发现在A04和A09上有很多同源性高达80%以上的片段,长度介于200~600 bp,这种组织结构非常类似于玉米(Zea mays)的Ac/Ds(activator/dissociation)转座系统。鉴于Ac/Ds转座系统中Ds以多拷贝存在于基因组中的事实,本研究分别在BraD8的5'和3'端设计特异引物,以大白菜单拷贝基因为内参,采用qRT-PCR方法,测定了12份大白菜材料中BraD8的5'和3'端的拷贝数。结果表明,不同材料中5'和3'端的拷贝数存在显著差异,在大秦白中,BraD8的5'和3'仅有少数几个拷贝,而在826中BraD8的5'和3'端则大约分别有19和45个拷贝;另外,在73和06-247中只有3'端、而322,8407,71-3-62和T03基因组中则5'和3'端都没有检测到。这些结果暗示,大白菜中的BraD8及类似结构就是属于h AT超家族的Ac/Ds转座系统,该研究将为今后BraD8及类似结构在大白菜转座子标签方面的研究提供借鉴。
分类号： Q943.2`S634.1
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