巨桉miRNA及其靶基因生物信息学预测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李崇奇

作者： 李崇奇;沈文涛;言普;黎小瑛;周鹏

作者机构： 海南大学农学院;中国热带农业科学院热带生物技术研究所/分析测试中心

关键词： 巨桉;miRNA;木质形成;基因组序列;转录因子

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2014 年 45 卷 09 期

页码： 12-18

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】识别并筛选与巨桉木质形成相关的miRNA基因,为开展巨桉遗传品质改良奠定基础。【方法】将mirBase数据库中所有植物的3228条miRNA序列提交到psRobot网站进行茎环结构预测,然后应用BLAST-2.2.27+软件与rfam和pfam数据库比对后去除非miRNA序列,应用Bioedit分析miRNA序列及前体序列的碱基组成特点。【结果】共预测获得341条miRNA前体序列和129条成熟的miRNA序列,属于28个不同miRNA家族。预测的巨桉miRNA长度为18~23 bp。其中长度为21个碱基的miRNA数量最多,达76个,miRNA前体长度为71~221 bp,平均长度为123 bp。巨桉miRNA序列和其侧翼序列均存在碱基偏倚现象,5'端第1碱基尿嘧啶出现的频率高达62.8%,第19碱基以胞嘧啶出现的频率最高,miRNA下游侧翼序列第1碱基G出现的频率仅为9.1%。靶基因预测发现,与木质形成相关的miRNA有41个,其中34个调节与木质形成相关的转录因子,主要调控ARF、HD-ZIPIII、KAN、MYB和NAC;10个调节与木质形成相关的酶,主要调控肉桂酰CoA还原酶、肉桂醇脱氢酶、纤维素合成酶、过氧化物酶和漆酶。【结论】巨桉中存在41个与木质形成相关的miRNA基因,可应用于巨桉遗传品质的改良研究。

分类号： S792.39

  • 相关文献

[1]猴面花miRNA及靶基因的生物信息学预测. 李崇奇,沈文涛,言普,黎小瑛,周鹏. 2015

[2]基于EST和GSS序列的巨桉miRNA研究. 李崇奇,沈文涛,言普,黎小瑛,周鹏. 2014

[3]农杆菌介导巨桉Eg5高效遗传转化. 郭利军,曾炳山,刘英. 2013

[4]巨桉下胚轴诱导不定芽与植株再生的研究. 石轶松,王米力,杜文平,李群. 2002

[5]巨桉EgrWRKY70基因克隆和初步表达分析. 姚海荣,曾炳山,范春节,裘珍飞,郭光生,覃伟权,阎伟. 2016

[6]不同接种和处理方式对巨桉幼苗青枯病发生的影响. 范春节,姚海荣,曾炳山,王胜坤,郭光生,覃伟权. 2016

[7]豇豆轻斑驳病毒海南分离物全基因组序列测定及分子特征. 杨晓,张宇,陈莎,李桑桑,龚一诺,张卓,鲁清华,胡荣,刘勇,张德咏. 2019

[8]中国明对虾肝胰腺细小病毒全基因组的克隆及序列分析. 张峥,黄倢,高强,成君军,王明森. 2011

[9]基于全基因序列的中国北方3省(区)马铃薯Y病毒遗传多样性分析. 马俊丰,李小宇,张春雨,周雪平,王永志. 2020

[10]农业生物技术及其产业-中国水稻分子育种的新机遇. 翁建峰,苏宁,万建民. 2009

[11]水貂犬瘟热CDV_3疫苗株基因组序列测定及H基因遗传稳定性分析. 赵建军,柴秀丽,王凤雪,邵西群,陈涛. 2009

[12]甘薯卷叶病毒江苏分离物基因组全长序列测定及其外壳蛋白基因在大肠杆菌中的表达. 乔贞贞,秦艳红,乔奇,张德胜,田雨婷,高洁,张振臣. 2012

[13]黄地老虎颗粒体病毒cDNA文库的构建. 张伟,王玮,艾秀莲,谢玉清,冯怀蓉. 2003

[14]鸡传染性支气管炎病毒ck/CH/LHLJ/090908株的基因组特性研究. 陈玲凤,韩宗玺,邵昱昊,孔宪刚,刘胜旺. 2014

[15]水稻小GTP蛋白基因Osrab5B基因的克隆和鉴定. 林慧贤,刘筱斌,李发强,罗文永,刘良式. 2001

[16]香蕉腺苷酸核糖基化作用因子1(MaArf1)基因的克隆及序列结构分析. 王园,王甲水,张建斌,徐碧玉. 2010

[17]侵染中国陕西南瓜的中国南瓜曲叶病毒的鉴定和全基因组分析. 冯润滋,杜敏,陈诚,马子玥,周雪平,杨秀玲. 2023

[18]籽粒苋C_4型磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因的克隆和表达. 冯瑞云,白云凤,李平,张维锋,王媛媛,杨武德. 2011

[19]烟草苗期立枯病病原菌Rhizoctonia solani AG-1 IB全基因组序列资源（英文）. 向立刚,蔡刘体,李文红,余知和,汪汉成,穆青. 2023

[20]在中国广东侵染胜红蓟的中国胜红蓟黄脉病毒的鉴定和全基因组分析. 乔蕊,周雪平,李方方. 2024

作者其他论文 更多>>

微信小程序