西藏山羊高海拔适应性的选择信号筛选

文献类型： 中文期刊

第一作者： 金美林

作者： 金美林;陆健;费晓娟;卢曾奎;权凯;储明星;狄冉;王慧华;魏彩虹

作者机构：

关键词： 西藏山羊;高海拔适应性;低氧;选择信号

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2020 年 010 期

页码： 3214-3223

收录情况： 北大核心

摘要： 试验旨在对西藏山羊常染色体的选择信号进行筛选,发掘重要的种质特性基因.基于西藏山羊、新疆山羊和太行山羊群体的Illumina 50K芯片分型数据,通过过滤等位基因频率较低和未定位的变异位点,得到高质量的SNPs标记;通过计算遗传分化系数(Fst)来分析群体遗传结构,同时对群体进行主成分分析(principal component analysis,PCA)和系统进化树构建以确定其群体结构;借助Di和XP-EHH两种不同的方法,以前5%为阈值,通过SNPs注释得到西藏山羊基因组受选择基因,并利用相关的生物信息学数据分析库对候选基因进行功能富集分析.结果显示,在3个群体中共鉴定出48 358个SNPs标记,3个群体有相近的遗传距离(Fst<0.05),西藏山羊的遗传分化程度(Fst=0.0376)明显高于新疆山羊(Fst=0.0256)、太行山羊(Fst=0.0257),表明西藏山羊群体已经产生一定程度的遗传分化.通过选择信号分析,在西藏山羊群体中共筛选到36个受到较强选择的位点和211个候选基因,其中EGFR、AKT1、PDHB和PFKP等基因与高海拔适应性相关.这些基因主要富集在嘌呤代谢通路、代谢途径和HIF-1信号通路等.利用基因组SNP标记可以更全面地揭示西藏山羊高海拔适应性的选择进展,为种质资源的保护和利用提供重要参考.

分类号： S827

  • 相关文献

[1]西藏各地方类群山羊种质资源保护与利用. 益西多吉,唐建华,宋天增. 2016

[2]放牧和舍饲对西藏山羊肉品质、抗氧化指标及脂肪酸含量的影响. 索朗达,巴贵,杨世帆,张晨光,次仁德吉,德吉,张科,王小龙,吴玉江. 2020

[3]西藏山羊DQA2基因多态性与血液免疫性状的相关性分析. 吕雪峰,李亚东,何茜,高维明. 2017

[4]基于RAD-seq简化基因组测序的19个地方鸡种遗传进化研究. 韩威,朱云芬,殷建玫,李国辉,薛倩,张会永,沈海玉,苏一军,窦新红,王克华,邹剑敏. 2020

[5]基于RAD-seq技术分析边鸡保种群体的遗传进化. 李国辉,魏清宇,张会永,殷建玫,薛倩,朱云芬,苏一军,王克华,邹剑敏,韩威. 2019

[6]德国肉用美利奴羊全基因组选择信号检测. 刘佳森,李蕴华,王润元,蒋守军,马万山,王利勇. 2019

[7]肃南牦牛群体遗传结构、选择信号分析和ROH检测. 鲍麒,包鹏甲,马晓明,吴晓云,孟光耀,褚敏,曹红梅,郎建英,安玉峰,梁春年,阎萍. 2022

[8]太湖鹅4个群体保种效果的遗传评价. 刘宏祥,王健,宋卫涛,朱春红,陶志云,徐文娟,章双杰,李慧芳. 2021

[9]基于简化基因组测序的天津猴鸡遗传进化研究. 夏树立,周成浩,赵向华,于海涛,张会永,殷建玫,薛倩,韩威,李国辉. 2022

[10]基于RAD-Seq简化基因组测序分析琅琊鸡的遗传进化. 殷建玫,朱云芬,李国辉,张会永,薛倩,周成浩,蒋一秀,苏一军,韩威. 2023

[11]京星黄鸡IMF系全基因组选择信号检测分析. 王永丽,刘晓静,崔焕先,文杰. 2022

[12]基于温带和热带玉米群体全基因组F_(ST)和XP-EHH的选择信号检测. 杨宇昕,邹枨. 2019

[13]全基因组选择信号解析野牦牛和天祝白牦牛的遗传差异. 鲍麒,梁春年,郭宪,李吉叶,褚敏,阎萍. 2022

[14]全基因组选择信号检测方法在家畜研究中的应用进展. 阿地力江·卡德尔,刘雪雪,杨敏,玛哈巴·肉孜,蒋琳,马月辉. 2016

[15]家养动物选择信号研究进展. 潘章源,贺小云,王翔宇,郭晓飞,曹晓涵,胡文萍,狄冉,刘秋月,储明星. 2016

[16]不同尾型绵羊全基因组选择信号检测. 刘真,王慧华,刘瑞凿,吴明明,张淑珍,张莉,赵福平,杜立新,魏彩虹. 2015

[17]大白猪和通城猪全基因组选择性清扫分析. 李秀领,杨松柏,唐中林,李奎,刘榜,樊斌. 2012

[18]选择信号分析及其对绵羊功能基因的挖掘进展. 张彦威,于丽娟,徐新明,阿米妮古丽·阿不来孜,谢梦婉,唐丽苹,郑培宇,狄江. 2023

[19]内蒙古地方绵羊遗传多样性及尾椎数性状相关选择信号研究. 常晨城,白音巴图,周乐,杨彦达,马凤英,刘在霞,王杰,何小龙,付绍印,张文广,石彩霞,刘永斌. 2023

[20]双乾肉羊全基因组SNP/InDel分析及毛色相关候选基因鉴定. 刘正喜,武斌,胡明月,白春艳,赵中利,曹阳,马惠海,闫守庆. 2021

作者其他论文 更多>>

微信小程序