ZBED6基因敲除猪肾脏转录组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 田文杰

作者： 田文杰;王丹丹;王圣楠;马月辉;蒋琳;宋子仪

作者机构：

关键词： 猪;ZBED6基因;肾脏;代谢;RNA-Seq;差异表达基因

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2022 年 05 期

页码： 1662-1670

收录情况： 北大核心

摘要： 【目的】探究锌指BED结构域结合蛋白6(zinc finger BED domain-containing protein 6,ZBED6)基因敲除对猪肾脏组织基因转录表达的影响，并解析ZBED6基因调控猪肾脏代谢的靶基因及其通路。【方法】对8月龄ZBED6基因敲除巴马香猪(ZBED6 KO)和同月龄野生型巴马香猪(WT)的肾脏组织(n=3)进行总RNA提取，利用实时荧光定量PCR检测胰岛素样生长因子2(insulin-like growth factor 2,IGF2)和差异基因的表达量；以Illumina Hiseq高通量测序技术对ZBED6 KO和WT猪肾脏组织mRNA进行转录组测序(RNA-Seq),用猪Sus scrofa 11.1作为参考基因组序列，通过生物信息学软件TopHat、Cufflink、Cuffmerge和Cuffdiff对测序数据进行分析，筛选ZBED6 KO和WT猪肾脏组织中的差异表达基因，对差异表达基因进行层次聚类和KEGG通路富集分析，并通过实时荧光定量PCR验证RNA-Seq结果中差异表达基因的可靠性。【结果】实时荧光定量PCR结果显示，ZBED6 KO猪肾脏IGF2基因mRNA表达量显著高于WT猪(P<0.05)。测序共获得78 G数据量，每个样本比对率在87.3%以上，测序质量良好；ZBED6 KO和WT猪肾脏组织之间共检测到25 213个基因，以调整后P<0.05和log_2|FoldChange|>2为筛选标准，得到299个差异表达基因，其中上调的基因103个，下调的基因199个。热图和主成分分析(PCA)结果显示，ZBED6 KO和WT组猪肾脏基因组内表达模式相似，组间表达模式不同；KEGG通路富集分析显示，差异基因主要参与视黄醇及疾病代谢相关通路。ZBED6基因敲除后，其中有9个差异表达基因(CYP2C42、AOX1、ENSSSCG00000036274、RDH16、CYP2A19、ENSSSCG00000022724、CYP26B1、CYP1A1、RDH5)被富集到视黄醇代谢通路中，可能参与调控猪肾脏代谢平衡。实时荧光定量PCR检测发现，7个差异表达基因(CYP2C42、AOX1、RDH16、CYP2A19、CYP26B1、CYP1A1、RDH5)的表达模式与RNA-Seq分析结果一致，证实RNA-Seq结果的可靠性。【结论】本试验利用RNA-Seq技术分析了ZBED6基因敲除对巴马香猪肾脏代谢的影响，其通过调控肾脏多个下游基因表达，从而影响其代谢相关信号通路，试验结果为阐明ZBED6基因功能提供了材料。

分类号： Q78`S828

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