基于全基因组重测序分析西门塔尔牛遗传多样性与群体结构

文献类型： 中文期刊

第一作者： 胡鑫

作者： 胡鑫;游伟;姜富贵;成海建;孙志刚;宋恩亮

作者机构：

关键词： 西门塔尔牛;低密度全基因组重测序;群体遗传结构;遗传多样性;亲缘关系

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2025 年 56 卷 003 期

页码： 1189-1202

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在对西门塔尔牛群体遗传多样性和遗传结构进行分析，为配种方案和遗传改良提供理论依据。本研究对149头西门塔尔牛的全基因组进行了重测序，并利用这些基因组数据获取的高质量单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms, SNPs)位点，对其遗传结构、连续纯合片段(runs of homozygosity, ROH)以及其亲缘关系和家系构建等方面进行了深入的分析。结果显示，149头西门塔尔牛平均测序深度为5×,质控后共鉴定到1 265 356个SNPs位点，平均最小等位基因频率为0.067,平均多态信息含量为0.083,平均观察杂合度为0.121,平均期望杂合度为0.157。亲缘关系G矩阵与状态同源(identical by state, IBS)遗传距离矩阵具有相似的结果，大部分个体间的亲缘关系呈中等水平。在149头西门塔尔牛个体中，共检测到70个基因组ROH,且ROH总长度为127 627.935 kb,其中有98.57%的ROH是长度介于在1～5 Mb之间。基于ROH计算得到的近交系数为0.000 3,提示近亲繁殖程度不高。此外，进化树分析将这149头西门塔尔牛划分成为22个不同的家系分支。综上所述，西门塔尔牛群体表现出相对丰富的多样性和适度的亲缘关系。在少数个体中观察到近亲繁殖，但种群的整体近亲繁殖水平仍然很低。

分类号： S823

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