O型口蹄疫病毒VP1基因区序列系统发育树分型

文献类型： 中文期刊

第一作者： 相磊

作者： 相磊;章振华;胡国良;陈小玲;梁之昶;徐福洲;石岗

作者机构：

关键词： O型口蹄疫病毒;基因型/拓扑型;系统发育树;VP1基因

期刊名称： 动物医学进展

ISSN： 1007-5038

年卷期： 2007 年 28 卷 03 期

页码： 12-17

摘要： 从GenBank和世界口蹄疫参考实验室基因库(WRLFMD)下载O型FMDV全VP1序列共210条,其中23条为已知基因型序列,其他为未知基因型序列。利用分子生物学软件DNA Star中的Clust-alW和Tree View工具,以已知基因型的VP1区序列构建系统发育树,验证分型结果与已知基因型是否一致。然后以已知基因型序列作为参照,将未知基因型序列与已知基因型序列一起构建系统发育树,以已知基因型序列在系统发育树中所处的位置,来判断未知基因型序列的归属,从而明确它们归属于何种基因型。结果表明,采用此种分型方法获得Cathay型74条、SEA型24条、EA型4条、WA型4条、Euro-SA型21条、ME-SA型68条、ISA-1型3条、ISA-2型2条,未能分型序列10条。

分类号： S852.65

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