奥利亚罗非鱼DMO和DMT蛋白二级结构和B细胞抗原表位的预测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 曹谨玲

作者： 曹谨玲;陈剑杰;俞菊华;吴婷婷

作者机构：

关键词： DMO;DMT;奥利亚罗非鱼;二级结构;B细胞表位

期刊名称： 中国生物工程杂志

ISSN： 1671-8135

年卷期： 2006 年 26 卷 07 期

页码： 19-24

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以DMO和DMT氨基酸序列为基础,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus- Schulz法预测蛋白质的二级结构;按Kyte-Doolittle法、Emini法和Jameson-Wolf法预测DMO和DMT蛋白的B细胞抗原表位。预测结果表明:在DMO蛋白N-端第80-112,144-147,193- 194,251-255,260-269区段和279-283区段,DMT蛋白N-端61-86,98-105,140-146,239- 241区段和第269-273区段,可能是α-螺旋中心;DMO蛋白N-端第59-61,69-70,148-150区段和383-390区段,DMT蛋白的N-端第125-129,207-213,255-264区段和第281-284区段,可能是β-折叠中心;在DMO蛋白分子N-端40-41,44-45,50-51,128-129,189-192,204 -207,216-222,226-233,244-246,298-299区段和第323-326区段和DMT蛋白分子N-端第12-13,26-27,43-44,58-60,93-95,115-120,136-139区段和第149-151区段具有较柔软的结构,这些区段有可能进行一定幅度的摆动或折叠而形成较复杂的三级结构。DMO蛋白N-端第1-5,41-51,65-67,86-89,98-110,154-170,183-203,205-248,258-264,284- 291,293-298,270-375,389-392,402-410区域和DMT蛋白N-端第1-9,17-28,77-84,114 -123,131-139,157-184,196-207区域可能是B细胞表位优势区域。以蛋白质的二级结构预测作为辅助手段,用抗原指数,亲水性参数和可及性参数预测DMO和DMT蛋白的B细胞表位,为DMO和DMT蛋白单克隆抗体的制备提供了线索,为系统研究奥利亚罗非鱼DMO和DMT基因的性别调控机理提供参考。

分类号： Q51

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