海南短日照条件下谷子穗部性状的全基因组关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 贾小平

作者： 贾小平;张博;董志平;全建章;王永芳;张小梅;袁玺垒;李剑峰;戴凌峰

作者机构：

关键词： 谷子;短日照;穗部性状;全基因组关联分析;连锁不平衡

期刊名称： 河南农业科学

ISSN： 1004-3268

年卷期： 2018 年 09 期

页码： 33-40

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 定位短日照条件下控制谷子穗部性状的QTL位点,筛选候选基因,为揭示短日照条件下谷子穗部性状形成的遗传机制奠定基础。2015年10月—2016年2月于海南省乐东县九所镇调查98份谷子材料的穗长、穗粗、穗码数、穗粒质量、千粒质量5个性状,同时对98份谷子材料进行重测序开发SNP标记,利用开发的SNP标记用STRUCTURE软件对98份谷子材料进行群体结构分析,用VCFtools软件进行SNP标记间的连锁不平衡分析,最后用GAPIT软件进行SNP与性状间的关联分析。结果表明,对98份谷子材料进行重测序开发了4 482 208个高质量的SNP标记,群体结构分析将98份谷子材料划分为3个组,连锁不平衡(LD)分析发现谷子基因组LD衰退距离为47. 5 kb,适合进行关联分析研究。全基因组关联分析检测到与穗长、穗粗、穗码数、穗粒质量、千粒质量关联的SNP位点数分别是27、95、18、22、28个,这些位点分布在大多数谷子染色体上;在关联位点候选区域内发现,与穗长、穗粗、穗码数、穗粒质量、千粒质量关联的候选基因数分别为24、33、18、18、22个,经在NR、GO、KEGG等数据库注释,每个性状筛选出4~9个主要候选基因,这些基因主要参与泛素-蛋白酶系统介导的蛋白质降解过程、防御反应、木质素合成、信号传导,少数参与脂肪酸合成以及氨基酸、锌离子运输等,其中位于6号染色体的泛素E3-蛋白连接酶基因XB3和位于3号染色体的蛋白磷酸酶基因PP2C可能分别与谷子穗粒质量、千粒质量密切相关。

分类号： S515

  • 相关文献

[1]基于单倍型肉牛屠宰性状全基因组关联分析研究. 李宏伟,徐凌洋,王泽昭,蔡文涛,朱波,陈燕,高雪,张路培,高会江,李俊雅. 2022

[2]白菜类作物开花时间的全基因组关联分析. 高宝祯,刘博,李石开,梁建丽,程锋,王晓武,武剑. 2017

[3]全基因组关联分析在作物中的研究进展. 任生林,吴才文,经艳芬,刘家勇. 2024

[4]白菜型油菜开花时间的全基因组关联分析. 江建霞,李延莉,蒋美艳,朱吉风,周熙荣,王伟荣,沈淳,张俊英,杨立勇. 2021

[5]谷子高产栽培法. 黄英杰,刘金明,崔秀红. 1999

[6]黄淮麦区北片小麦穗部相关性状的全基因组关联分析. 张帅,张希兰,张娜,赵明辉,乔文臣,孙丽静,李辉,傅晓艺,何明琦,纪军,李俊明. 2020

[7]山西谷子核心资源群体结构及主要农艺性状关联分析. 王海岗,温琪汾,穆志新,乔治军. 2019

[8]种植密度对夏谷顶三叶和穗部性状的影响. 李君霞,代书桃,陈宇翔,朱灿灿,秦娜,宋迎辉,王春义,芮战许,梁秋芳. 2020

[9]不同光周期条件下谷子株高的全基因组关联分析. 贾小平,张博,全建章,李剑峰,王永芳,袁玺垒. 2019

[10]谷子抽穗期基因SiGI的表达与单倍型变异分析. 姚琦,智慧,孟强,袁迪,张彬,刁现民,贾冠清. 2024

[11]洛阳、吉林生态区谷子抗倒伏性的全基因组关联分析. 贾小平,张博,全建章,王永芳,董志平,袁玺垒,李剑峰. 2018

[12]短日照处理对龙胆花生长发育的影响. 李振,梁守连,高蒿,樊勇,温健. 2016

[13]光对一品红生长的影响. . 2006

[14]一品红高山反季节栽培技术试验. 林霞,金川,张庆良,黄健. 2003

[15]短日照诱导对小豆籽粒品质的影响. 董伟欣,张彦立,任帅,谢颍,刘明,魏岩,张月辰,路战远. 2016

[16]光周期对于绒山羊毛囊干细胞激活的影响. 刘斌,郭俊,勿都巴拉,马跃军,辛雷勇,赵存发,李玉荣,尹俊. 2017

[17]假植时期与短日照低温对'紫金久红'草莓生长结果的影响. 王庆莲,赵密珍,吴伟民,袁华招,钱亚明,关玲,吕鹏. 2017

[18]初花后短日照诱导对小豆叶片内源激素含量变化的影响. 董伟欣,尹宝重,路战远,张月辰. 2018

[19]短日照诱导对小豆叶片内源激素含量及其平衡的影响. 董伟欣,路战远,任帅,张彦立,谢颍. 2015

[20]短日照处理对小豆生长、光合特性及产量形成的影响. 董伟欣,尹宝重,路战远,张月辰. 2018

作者其他论文 更多>>

微信小程序