不同SNP等位基因初始频率下家畜保种群体的基因组遗传多样性

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王孝义

作者： 王孝义;杨永立;胡伟;朱怡轩;李明丽;陈强;鲁绍雄

作者机构：

关键词： 家畜保种群体;基因组;SNP;基因频率;遗传多样性

期刊名称： 云南农业大学学报(自然科学版)

ISSN： 1004-390X

年卷期： 2024 年 39 卷 006 期

页码： 26-33

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】揭示不同SNP等位基因初始频率下家畜保种群体的基因组遗传多样性。【方法】在假定遗传长度为100 cM的1对常染色体上存在1 000个均匀分布的SNP基础上，采用Monte Carlo方法模拟在1个规模恒定的闭锁群体内通过随机留种、随机交配连续繁育50个世代的情形，分析3种SNP等位基因初始频率（0.1、0.3、0.5）下各世代最小等位基因频率（minor allele frequency,MAF）及其分布、基因组杂合度（genomic heterozygosity,HG）、基因组观察纯合度(genomic observed homozygosity,HOMobs)和等位基因丢失数量的变化情况。【结果】无论初始频率如何，随着繁育世代的递增，群体内各SNP的平均MAF和HG持续降低，而HOMobs逐渐升高，MAF位于[0, 0.1]区间内的SNP数量以及等位基因丢失数不断增加。相较于较低的初始频率，当SNP等位基因初始频率为0.5时，同一世代的平均MAF和HG最高，HOMobs最低，MAF位于[0, 0.1]区间内的SNP数量和等位基因丢失数最少。【结论】SNP等位基因初始频率过低或过高均会导致群体HG降低，并增加基因丢失或固定的概率；而当初始频率接近0.5时，能够有效地维持较高的HG，降低基因丢失或固定的风险，从而有利于维持群体遗传多样性。

分类号： S813.1

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