基于EST序列的甘蔗SNP发掘及分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 檀小辉

作者： 檀小辉;张继;梁芳;金刚;吕平;韦丽君

作者机构： 广西壮族自治区亚热带作物研究所;玉林师范学院

关键词： 甘蔗;NCBI;EST序列;DNAStar;SNP位点

期刊名称： 江苏农业科学

ISSN： 1002-1302

年卷期： 2016 年 44 卷 07 期

页码： 64-67

收录情况： 北大核心

摘要： 从NCBI中的EST数据库下载已公布的甘蔗EST序列28 512条,利用DNAStar软件中的Seqman程序进行叠连群构建,EST序列共构建3 449个叠连群,从中筛选出93个叠连群,长度共计105 385 bp,发现候选SNP位点1 449个,SNP平均出现频率为1.37%,共有74个contigs含有SNP位点,平均每个contig含有19.58个SNP位点,含有SNP位点数最多的1个叠连群有229个SNP候选位点,不同的叠连群含有的SNP位点数量差异较大,但转换类型与颠换类型所占比例很接近。本研究所用的叠连群的总长度是105 385 bp,平均72.93 bp含有1个SNP位点。

分类号： S566.1

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