基于重测序的南方高蛋白大豆品种福豆234的遗传变异

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张玉梅

作者： 张玉梅;萧涵;蓝新隆;夏春英;林国强

作者机构：

关键词： 福豆234;全基因组重测序;单核苷酸多态性;小片段插入缺失;变异

期刊名称： 福建农业学报

ISSN： 1008-0384

年卷期： 2024 年 39 卷 006 期

页码： 652-661

收录情况： CSCD

摘要： 【目的】揭示南方高蛋白大豆遗传变异提供理论参考。【方法】通过高通量测序技术对南方高蛋白大豆品种福豆234进行全基因组重测序。【结果】共获得64 757 037条Clean reads，测序深度为17×，基因组覆盖度分别达98.08%(1×)和96.25%(5×)。共鉴定出1 478 393个单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism, SNP）位点和356 739个小片段插入缺失（Small insertion-deletion, Small InDel）位点。其中共鉴定出14 323个非同义SNP突变的基因，4 186个Small Indel的突变基因位于编码区（Coding sequence, CDS）。通过COG(Clusters of orthologous groups of proteins)分析发现信号传导机制、转录、碳水化合物转输和代谢等和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析发现碳代谢、淀粉和蔗糖代谢、氨基酸生物合成、植物激素信号传导、内质网蛋白质加工等通路与福豆234遗传变异相关。此外，本研究以大豆籽粒蛋白质含量数量性状基因座（Quantitative trait locus, QTL）的两个主要区段内的候选基因进行分析，发现有65个基因发生SNP或Small InDel水平的变异，其中，SNP变异类型达10种，Small InDel变异类型达7种。【结论】本研究初步揭示南方高蛋白大豆的遗传变异规律，为高蛋白大豆品种选育和分子标记的开发提供数据支持和理论依据。

分类号： S565.1

  • 相关文献

[1]基于重测序的大豆新品种齐黄34的全基因组变异挖掘. 张彦威,李伟,张礼凤,王彩洁,戴海英,徐冉. 2016

[2]三倍体香蕉优良品种‘Grand Nain’全基因组变异挖掘. 邵秀红,胡春华,盛鸥,毕方铖,邓贵明,杨乔松,易干军. 2018

[3]基于重测序的籽粒型和鲜食型大豆的全基因组变异分析. 郭丹丹,袁凤杰,郁晓敏. 2019

[4]基于全基因重测序的芒果细菌性角斑病抗性相关SNP分析. 徐志豪,周思思,詹儒林,姚全胜,柳凤. 2024

[5]五指山猪和杜洛克猪全基因组选择信号差异分析. 任钰为,王峰,王成,张艳,孙瑞萍,刘海隆,乔传民,邢漫萍,黄丽丽,曹宗喜,晁哲. 2022

[6]基于全基因组重测序的野生型大麻和栽培型大麻的多态性SNP分析. 陈璇,郭蓉,王璐,柳延虎,郭孟璧,许艳萍,郭鸿彦,杨明,张庆滢. 2018

[7]2016年中国部分地区白斑综合征病毒高变异区序列的分析比较. 蔡苗,孙新颖,刘庆慧,万晓媛,黄倢. 2018

[8]高蛋白大豆福豆234的选育及高产农艺措施数学模型. 林国强,张轼,滕振勇,陈双龙,陈志雄. 2005

[9]基因组测序分析广叶绣球菌SP-A菌株的遗传差异. 杨驰,马璐,肖冬来,江晓凌,刘晓瑜,林衍铨. 2021

[10]利用重测序InDel位点开发甜椒隐性核不育分子标记. 孟雅宁,严立斌,田玉,范妍芹. 2019

[11]韩国赤芝全基因组重测序分析. 朱风丽,徐晓兰,陈体强,石林春,缪晓青,兰进. 2019

[12]马早期流产相关功能基因挖掘的研究. 吴海青,刘威,马跃军,苏少锋,萨初拉,付绍印,高文渊,李玉荣. 2021

[13]特早花甘蓝型油菜的开花特征及特早花候选基因鉴定. 余华胜,张冬青,陈佳麒,张尧锋,傅鹰. 2021

[14]全基因组重测序在大豆育种上的研究进展. 赵海红,郭泰,王志新,郑伟,李灿东,徐杰飞,张振宇,赵星棋,王士强. 2020

[15]水稻特大穗恢复系R1126株叶型性状遗传基础剖析. 孙平勇,舒服,何强,邓华凤. 2013

[16]全基因组重测序解析不同牦牛类群的系谱及遗传结构. 王佟,马晓明,余道宁,马超凡,潘和平,梁春年,扎西塔,阎萍. 2023

[17]离子束诱变体水稻JD-1的表型及基因组变异分析. 敬银钦,高方远,刘利平,苏相文,任明鑫,陆贤军,吕建群,金文杰,胡运高,任鄄胜,任光俊. 2021

[18]沃柑辐射诱变系渝沃无核的果实品质及遗传差异分析. 彭洁,余歆,朱延松,杨胜男,程莉,李仁静,江东. 2021

[19]禾荔特晚熟焦核突变体GLL-1全基因组变异分析. 丁峰,李浩然,王金英,彭宏祥,何新华,黄小雄,李平,钟敏芝,覃燕,张树伟. 2021

[20]猪源艰难梭菌的分离鉴定与生物学特性分析. 张悦,艾伟诚,王斐,梁婉,谢思思,华琳,李春辉,彭忠,吴斌. 2022

作者其他论文 更多>>

微信小程序