东北野猪受选择基因筛选与分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王文涛1

作者： 王文涛1;刘娣1;张冬杰1;何鑫淼1;龚林明2;田明1;赵跃坤3

作者机构：

关键词： 东北野猪;受选择基因;选择性清除;GO富集分析;分子功能;生物学过程;细胞定位

期刊名称： 黑龙江畜牧兽医

ISSN： 1004-7034

年卷期： 2022 年 012 期

页码： 46-49,126-127

收录情况： 北大核心

摘要： 为了研究东北野猪受选择基因情况，试验对4头东北野猪基因组进行了重测序，采用滑窗法、基因功能和信号通路富集分析等方法筛选4头东北野猪基因组中的受选择基因，并对其功能和参与信号通路进行了富集分析。结果表明：东北野猪基因组中大约有29.81 Mb的区间受到了选择，涉及到411个基因，其中279个基因有功能注释；γ-氨基丁酸受体1（gamma-aminobutyric acid receptor 1,GABAR1）基因、硫氧还蛋白2（thioredoxin 2）基因、激素肽3（tachykinin 3）基因、5-羟色胺受体（5-hydroxytryptamine receptor）基因与神经系统有关，干扰素-欧米伽2（interferon-omega-2）基因、钙调素6（calmodulin like 6）基因与免疫相关，鱼精蛋白1（protamine 1）基因与雄性生殖相关；279个受选择基因作为细胞组分主要与突触后膜、突触膜、突触后成分细胞连接、神经元投射、质膜区有关，具有中链脂肪酸辅酶A连接酶活性、γ-氨基丁酸受体活性、形成碳氧键连接酶活性、神经递质受体活性、突触后神经递质受体活性、钙依赖性磷脂结合等分子功能，参与了多巴胺分泌、多巴胺分泌调节、药物反应等生物学过程；受选择基因在分子功能方面富集不显著[错误发现率（FDR）＞0.05]),在生物学过程和细胞定位方面均显著富集（FDR≤0.05）;受选择基因在KEGG、Rectome、Wiki数据库的信号通路中均不能显著富集（FDR＞0.05）,在3个数据库的信号通路中都涉及到了γ-氨基丁酸受体信号途径，在KEGG通路和Wiki通路中都出现了铁死亡途径。说明东北野猪与神经系统、免疫系统相关基因受到了选择。

分类号： S828

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