油莎豆块茎转录组测序分析与油脂合成相关基因的挖掘

文献类型： 中文期刊

第一作者： 焦兵阳

作者： 焦兵阳;魏尊苗;弥震;才照玄;闫帆;刘雅婧;李景文;王庆钰;牟忠生;王英

作者机构：

关键词： 油莎豆;全长转录组;功能注释;油脂代谢通路

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2024 年 016 期

页码： 5286-5296

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 油莎豆(Cyperus esculentus)是一种开发潜力大、综合利用价值高的新兴经济作物，其块茎油分含量最高可达38.70%。为了获取其块茎中油脂合成遗传信息，试验采集4个不同发育时期的油莎豆块茎样品，采用第三代PacBio测序平台对样品进行全长转录组测序，原始数据经聚类、纠错和去冗余，最终获得的高质量序列87 061条，预测分析84 394个ORF,11 224条lncRNA,31 995条转录因子以及9 165个SSR位点。将筛选预测为有功能的23 408条高质量转录本在blastx、NR、KOG、GO、KEGG、Pfam等数据库进行功能注释分析，获得19 287条(82.39%)序列功能注释信息。NR数据库比对结果显示，油莎豆与油棕(Elaeis guineensis)的相似度最高(21.69%);GO功能分析将获得GO注释的unigenes划分为生物过程、分子功能和细胞成分3大类55子类；KOG数据库分析获得25个功能簇；KEGG注释将转录组中涉及的基因注释到6大类共188条代谢通路中。根据注释到的油脂合成功能基因序列构建出油莎豆脂肪酸合成代谢通路，并发掘到了FATA、GPAT、PDAT和DGAT等油脂合成关键基因。本研究在无参考基因组的情况下，根据油莎豆块茎三代转录组数据，获得基因信息，同时构建了脂肪酸合成代谢通路并得到部分功能基因的全长序列，为后续油莎豆油分合成代谢的分子机制研究提供数据支持。

分类号： S565.9

  • 相关文献

[1]薏苡苗期叶片全长转录组测序、注释及SSR预测. 李文燕,崔百元,刘勤坚. 2020

[2]基于PacBio平台的紫娟茶树全长转录组分析. 夏丽飞,孙云南,宋维希,朱兴正,田易萍,蒋会兵,陈林波. 2020

[3]芋全长转录组测序分析及淀粉生物合成相关基因挖掘. 何芳练,刘莉莉,蒋慧萍,韦绍龙,邱祖杨,董伟清. 2022

[4]保护品种云茶1号茶树全长转录组测序分析. 朱兴正,夏丽飞,陈林波,田易萍,宋维希,蒋会兵. 2018

[5]八仙花'Bailmer'全长转录组数据分析. 祁惠,张盖天,杨锁宁,褚志云,刘春,袁素霞. 2025

[6]基于单分子实时测序的油莎豆全长转录组分析. 邹智,赵永国,张丽,孔华,郭运玲,郭安平. 2021

[7]姜荷花全长转录组微卫星特征分析和引物设计. 毛俐慧,刘建新,丁华侨,徐笑寒,田丹青. 2018

[8]姜荷花全长转录组微卫星特征分析和引物设计. 毛俐慧,刘建新,丁华侨,徐笑寒,田丹青. 2018

[9]水分胁迫下枣裂果的全长转录组分析. 魏薇,贾彦丽,吴硕,智福军. 2020

[10]对萼猕猴桃CDPK基因家族鉴定及非生物胁迫应答分析. 张永杰,白丹凤,Muhammad Abid,李志,方金豹,钟云鹏. 2021

[11]基于全长转录组的蚕豆WRKY基因家族分析及耐盐胁迫相关候选基因挖掘. 周恩强,周瑶,姚梦楠,王学军,赵娜,缪亚梅,王永强,薛冬,李波,汪凯华,顾春燕,魏利斌. 2024

[12]药食同源植物甘葛藤的全长转录组分析. 梅瑜,李向荣,蔡时可,顾艳,王继华. 2021

[13]药食兼用植物黄蜀葵全长转录组测序及特性分析. 叶广英,王再花,刘海林,李杰. 2023

[14]NaCl胁迫下黑果枸杞转录组测序分析. 马彦军,段慧荣,魏佳,Richard John Tiika,单立山,马瑞. 2020

[15]基于RNA-Seq的辣木叶转录组研究. 张雅玲,王小安,潘少霖,叶新福. 2017

[16]青梗花椰菜和白梗花椰菜转录组分析. 林珲,薛珠政,李永平,李大忠,刘建汀,朱海生,温庆放. 2018

[17]基于转录组测序技术的黄唇鱼SSR分子标记筛选. 赵彦花,区又君,温久福,李加儿,周慧. 2019

[18]基于转录组测序的紫色秋葵花青素合成相关基因研究. 张少平,应璐,邱珊莲,张帅,洪建基,郑开斌,余文权. 2018

[19]溪黄草转录组测序及生物信息学分析. 王继华,蔡时可,梅瑜,李汉章,杨少海. 2020

[20]8个番石榴品种的转录组测序. 张丽梅,陈钟佃,张朝坤,魏秀清,许家辉. 2021

作者其他论文 更多>>

微信小程序