南方番茄病毒在海南省的发生分布及全基因组序列分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 车海彦

作者： 车海彦;林雅婷;罗大全;龙海波

作者机构： 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所/农业农村部热带作物有害生物综合治理重点实验室/海南省热带农业有害生物监测与控制重点实验室

关键词： 南方番茄病毒;小RNA深度测序;RT-PCR检测;基因组

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2024 年 45 卷 001 期

页码： 30-40

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 病毒病是海南番茄生产中危害最严重的病害之一,在利用小RNA深度测序技术鉴定海南番茄病毒病病原时发现,南方番茄病毒(Southern tomato virus,STV)在海南省多个市(县)的样品中存在,而且发现 1 株STV单独侵染的样品.为了解STV在海南省的发生分布情况,利用RT-PCR技术,对 2015-2021 年采自海南省的 987 份疑似病毒侵染的番茄叶片样品进行检测,结果表明:在 9 个市(县)的 142 份样品中检测到STV,早在 2015 年STV就已经在海南番茄上存在,检出率从 2015 年(8.82%)到 2021 年(22.45%)呈逐年上升趋势.同时结合RACE和RT-PCR技术扩增到 4 个STV海南分离物的全长基因组,长度均为 3446 nt,包含 2 个部分重叠的ORFs,ORF1(147~1280 nt)和ORF2(1048~3336 nt)分别编码p42 蛋白(377 aa)和RdRp蛋白(762 aa),5′UTR和 3′UTR的长度分别为 146 nt和 110 nt.序列一致性分析表明,4 个STV海南分离物间基因组序列一致性为 99.86%~100.00%,与目前GenBank公布的所有STV分离物基因组间序列一致性为 98.45%~99.94%.基于全基因组序列构建的系统发育树显示,80 个STV分离物被明显分为 2 个组(组Ⅰ和组Ⅱ),组Ⅰ包括亚洲、美洲、欧洲和非洲分离物;组Ⅱ中除 1 个亚洲分离物外,其他均为欧洲分离物;4 个海南分离物被分在组Ⅰ,STV分离物的分组与地域呈一定的相关性,而与寄主无相关性.4 个海南分离物与组Ⅰ分离物基因组序列变异度较高的区域位于 881~1061 nt和 1521~1721 nt,与组Ⅱ分离物基因组序列变异度较高的区域位于 2041~2241 nt和 2761~2921 nt.STV分离物基因组间未发现重组事件.这是在海南省首次报道发现STV.本研究结果有助于了解STV在海南省的分布、发生趋势及遗传多样性,为病害防控提供科学依据.

分类号： S432.41

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