高粱WRKY家族成员鉴定及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵兴奎

作者： 赵兴奎;范昕琦;聂萌恩;王海燕;柳青山;段永红

作者机构：

关键词： 高粱(Sorghum bicolor);WRKY转录因子;系统进化;生物信息学分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2020 年 18 卷 13 期

页码： 4170-4181

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： WRKY转录因子是调控植物生长发育的重要转录因子,本研究利用高粱基因组数据库(v3.1.1),通过生物信息学分析鉴定出97个高粱WRKY基因家族成员,其CDS序列长度为423～4 965 bp,编码氨基酸长度为141～1 655 aa。染色体定位发现97个基因不均匀地分布于10条染色体上,其中3号染色体上数目最多,有23个WRKY基因,6号染色体最少,只有5个WRKY基因。根据WRKY保守结构域和锌指结构的特点对97个转录因子进行分类,可将它们分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ三大类,分别有11个、70个和16个成员。另外对WRKY蛋白保守基序分析发现WRKY结构域有3个保守基序组成,各组成员的保守基序基本一致。部分蛋白的WRKY保守域和锌指结构具有多样性,分析发现部分高粱WRKY蛋白的WRKYGQK结构域中‘Q’突变为‘E’、‘S’和‘K’。系统进化关系显示高粱Ⅱ、Ⅲ类WRKY转录因子类聚在Ⅰ的下级分支上,表示Ⅱ和Ⅲ类可能是由Ⅰ类进化而来的。

分类号： S514

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