从绵羊UniGene数据库中筛选微卫星标记的初步研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 闫秋良

作者： 闫秋良;张英汉;李宏滨;魏彩虹;杜立新

作者机构：

关键词： 绵羊;表达序列分析;微卫星;SSR

期刊名称： 西北农林科技大学学报(自然科学版)

ISSN： 1671-9387

年卷期： 2007 年 35 卷 11 期

页码： 15-18+23

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了利用生物信息学方法筛选绵羊微卫星标记,利用SSRIT和SSRFinder软件对绵羊UniGene数据库的4 081个簇进行搜索,筛选绵羊EST-SSRs标记。结果表明,从绵羊UniGene数据库中搜索到微卫星136个,含有微卫星的序列121个,占整个EST序列数据库的3.0%,其中双碱基重复47个,三碱基重复54个,四碱基重复3个,五碱基重复4个,六碱基重复28个。在这些微卫星序列中,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,CTG重复在三碱基类型中最常见,分别占双碱基和三碱基微卫星序列总数的64%和29%。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物30对,在设计的30对引物中,20对引物有扩增产物,且条带清晰,其中有2对引物在小尾寒羊品种内呈现多态。

分类号： S826

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