非洲菊叶绿体基因组密码子偏好性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 卢珍红

作者： 卢珍红;莫锡君;原晓龙;李绅崇;单芹丽;王毅

作者机构：

关键词： 非洲菊;叶绿体基因组;密码子偏好性;自然选择

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2025 年 23 卷 021 期

页码： 7286-7293

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为分析非洲菊叶绿体基因组密码子使用模式，本研究从其叶绿体基因组中去除重复CDS(coding DNA sequence)和序列长度小于300 bp后得到53条基因序列，利用Codon W和在线程序CUSP分析其密码子偏好性。结果显示，非洲菊叶绿体基因组密码子第3位的GC含量为27.94%，偏向于以碱基A和U结尾；ENC范围为36.02～57.43，平均值为47.66,ENC值>45的基因有40条，密码子的偏性较弱；RSCU值>1.00的密码子有29个。中性绘图、ENC-plot及PR2-plot分析结果显示，自然选择是非洲菊叶绿体基因组密码子使用偏性的主要影响因素。最优密码子为UUG、CUU、AAU、AGA、GGA、UAU、CAU。本研究结果为非洲菊重要经济性状的遗传改良、叶绿体遗传和进化分析提供必要的基础数据。

分类号： S682.11

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