灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘林

作者： 刘林;李成云;杨静;业艳芬;李进斌;周晓罡;王云月;朱有勇

作者机构：

关键词： 微卫星或简单重复序列;频率;分布;分子标记

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2006 年 19 卷 01 期

页码： 131-135

收录情况： CSCD

摘要： 本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。

分类号： Q943

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