葫芦巴转录组测序及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王星哲

作者： 王星哲;陈阳;武悦;单飞彪;杜瑞霞;闫文芝;刘春晖

作者机构：

关键词： 葫芦巴;转录组;Unigene;分子标记

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2024 年 013 期

页码： 4254-4261

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究基于RNA-Seq技术对葫芦巴幼苗叶片进行转录组测序及生物信息学分析。获得葫芦巴转录组数据，为后续研究葫芦巴基因功能、代谢途径、分子标记及调控机理等方面提供参考。对测序数据拼接组装后获得16 456条unigene，总长度为19 770 394 bp。将获得的unigene分别与KEGG、Nr、GO和KOG等7大数据库进行比对，共有11 768条unigene得到注释，占总unigene的71.62%。其中GO数据库注释unigene9 029条，按照功能分为3个大类和52个亚类；有8 158条unigene在KEGG数据库中得到注释，涉及代谢通路300条；11 658条unigene在Nr数据库中获得注释，注释的同源序列主要来自豆科植物蒺藜苜蓿；有6 717条unigene在KOG数据库得到注释，涉及25个不同的功能分类。葫芦巴所有unigene中共检索到11 286个SNP位点，以C:G＞T:A和T:A＞C:G的突变类型发生频率最高；SSR特征分析中共检测到4 928个位点，其中单核苷酸重复2 262个，占SSR位点总数的45.90%。本研究构建葫芦巴转录组数据库并进行生物信息学分析，为后续开展种质资源鉴定、遗传多样性分析、指纹图谱构建等研究提供科学依据。

分类号： S567.219

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