糜子SBP基因家族鉴定及在籽粒稃壳色形成中的表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郝子义

作者： 郝子义;刘天鹏;何继红;董孔军;任瑞玉;张磊;韦恒;李亚伟;杨天育

作者机构：

关键词： 糜子;SBP基因家族;转录因子;生物信息学分析;表达特征

期刊名称： 甘肃农业大学学报

ISSN： 1003-4315

年卷期： 2025 年 60 卷 004 期

页码： 65-77

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]了解糜子SBP基因家族及在其籽粒稃壳色形成中的表达特征.[方法]采用生物信息学方法,全基因组鉴定了含有SBP结构域的SBP基因家族成员,并进一步分析了其染色体分布、蛋白理化性质、系统进化关系、基因结构、保守结构域、启动子区域的顺式作用元件及在糜子白、黄、褐籽粒稃壳色形成中的表达特征.[结果]糜子含有38个SBP基因,不均匀的分布在18条染色体上,PmSBP蛋白的氨基酸序列长度为122-1 109 aa,等电点为5.49-10.32,家族成员含有1-11个外显子,亚细胞定位于细胞核、叶绿体中.糜子38个SBP基因的蛋白聚类分析显示,该蛋白家族可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ 5个亚家族,亚家族Ⅲ成员具有相对复杂的结构.顺式作用元件分析显示,在糜子SBP家族基因存在共同的顺式作用元件,如光响应、激素响应、分生组织表达和调控种子特异性等.白、黄、褐色籽粒品种晋黍8号、陇糜12号和张778稃壳色形成期转录组及qRT-PCR分析显示,糜子SBP基因家族成员中 PmSBP33、PmSBP8、PmSBP17、PmSBP37、PmSBP12、PmSBP14、PmSBP1、PmSBP7、PmSBP23 和PmSBP16在3个品种籽粒中的表达量较高,且品种间表达量差异显著.通过与谷子、拟南芥和水稻同源基因比对,推测PmSBP1和PmSBP7与糜子籽粒发育相关.[结论]鉴定出38个糜子SBP基因家族成员,在糜子籽粒稃壳中的表达量差异明显,且PmSBP1和PmSBP7与糜子籽粒形态建成密切相关.

分类号： S516

  • 相关文献

[1]高粱SBP基因家族鉴定及干旱胁迫下的表达模式分析. 姜昱雯,陈满静,赵应,任艳,周棱波,沈佳奇,邵明波. 2024

[2]大口黑鲈雌激素受体基因(esr2a,esr2b)的分子特征及其与免疫的作用机制. 朱芷琳,高风英,董浚键,孙成飞,张赫桐,李佳鑫,王庆奎. 2025

[3]糜子抗白粉病基因(Mlo)编码蛋白的序列特征及表达分析. 石甜甜,何杰丽,秦明月,陈凌,王海岗,王瑞云,乔治军. 2018

[4]玉米VOZ基因家族的鉴定与生物信息学分析. 时丕彪,胡凤琴,蒋润枝,吕远大. 2021

[5]棉花转录因子基因GhMYBPA1的克隆及表达分析. 张安红,赵战胜,王志安,肖娟丽,刘圆,罗晓丽. 2020

[6]葡萄SBP-box转录因子家族的生物信息学分析及其应答激素调控葡萄果实成熟的作用. 崔梦杰,王晨,冷翔鹏,吴伟民,汤崴,张文颖,朱旭东,贾海锋,沈文飚,房经贵. 2018

[7]谷子TCP基因家族成员序列特征及表达模式分析. 连卜颍,王喆,韩尚玲,侯思宇,韩渊怀,李红英. 2020

[8]基于转录组的洋葱bHLH转录因子家族鉴定与生物信息学分析. 陈微,潘美红,惠林冲,李威亚,郇国磊,何林玉,缪美华,陈振泰,杨海峰. 2023

[9]甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛WRKY基因家族的生物信息学分析. 杜泰峰,侯夫云,秦桢,王庆美,张立明. 2021

[10]大豆GeBP转录因子家族基因生物信息学分析. 张军,尹珺伊,王岩,田秋丰,刘秋瑾,何佳琦,黄宇翔,王丽坤,史同瑞,翟莹. 2021

[11]大麦SRO家族的全基因组鉴定及生物信息学分析. 李志强,聂石辉,王仙,向莉,刘恩良,方伏荣. 2022

[12]蓖麻WRKY14基因的鉴别与信息分析. 黄启星,郭安平,杨礼富,邹智. 2012

[13]绿豆bHLH转录因子家族的鉴定与生物信息学分析. 陈红霖,胡亮亮,王丽侠,王素华,程须珍. 2017

[14]ARF类转录因子GhARF3的生物信息学分析. 陈蔷,彭明. 2009

[15]黄瓜WIP转录因子家族基因的鉴定及表达分析. 韩瑞月,刘晓林,辛同旭,李森,杨学勇,孙进京. 2025

[16]玉米转录因子ZmSPL16的克隆与功能鉴定. 崔扬,冯彦辉,陈众峰,王晓敏,王云鹏,杜贤章. 2019

[17]番茄SBP基因家族的全基因组鉴定、结构特征及表达分析. 万红建,袁伟,俞锞,刘云飞,李志邈,叶青静,王荣青,阮美颖,周国治,姚祝平,杨悦俭. 2013

[18]草莓SBP基因家族生物信息学初步分析. 葛安静,张春华,董清华,赵密珍,宋长年,张希. 2012

[19]脊尾白虾MSTN基因组织及不同蜕皮后时间点的表达特征. 薛蓓,张培,李志辉,赵莲,邰小飞,徐晔,赖晓芳,高焕,阎斌伦. 2016

[20]脊尾白虾腺苷酸转移酶基因应答蜕皮的表达特征研究. 李硕,白玉,薛蓓,娄海华,杨秀航,董逸,赖晓芳,阎斌伦,高焕. 2017

作者其他论文 更多>>

微信小程序