黑白轮枝菌基因组中微卫星的频率和分布

文献类型： 中文期刊

第一作者： 冯自力

作者： 冯自力;赵丽红;师勇强;李彩红;王玲飞;刘义杰;朱荷琴

作者机构：

关键词： 黑白轮枝菌;基因组;简单重复序列;非随机分布

期刊名称： 棉花学报

ISSN： 1002-7807

年卷期： 2013 年 25 卷 02 期

页码： 135-141

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了明确重要植物病原真菌黑白轮枝菌基因组中的微卫星(SSR)分布情况,利用软件SciRoKo从已测序的VaMs102菌株基因组(32.8 Mb)中,成功搜索得到4224个SSR。结果显示,三碱基重复微卫星的数量最多,为1481个,占SSR总数的35.1%;其次是二碱基、六碱基、四碱基和五碱基;单碱基重复的微卫星数量最少,为308个,仅占总数的7.3%。不同重复单元的微卫星在黑白轮枝菌基因组中的分布是非随机的,具有明显的偏好性。单碱基、二碱基、四碱基和五碱基偏爱出现于非编码区,尤其是基因间区。三碱基和六碱基重复微卫星较为集中分布在外显子区,并且重复次数变化丰富,推断黑白轮枝菌编码区的SSR可能会通过调节自身的重复次数来适应新环境。

分类号： S562

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