基于EST序列的玫瑰EST-SNP位点发掘与分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 梁芳

作者： 梁芳;张继;吕平;龙凌云;黄惠芳;檀小辉;韦丽君

作者机构：

关键词： 玫瑰;EST序列;SNP位点;生物信息学;NCBI

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2016 年 47 卷 03 期

页码： 325-331

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】发掘出一批玫瑰SNP候选位点,为进一步开发玫瑰EST-SNP标记及研究玫瑰遗传背景、相关性状的分子标记等打下基础。【方法】从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的db EST数据库下载27125条玫瑰EST序列,经生物信息学方法分析,发掘玫瑰EST-SNP位点,并对其所在核苷酸序列进行功能注释分析。【结果】对27125条EST进行拼接,共得到3544条重叠群(Contigs),其中有243个Contigs含有SNP候选位点。从中筛选出224个候选EST-SNP位点,其碱基突变类型中转换和颠换的数量分别占SNP候选位点总数的59.8%和27.2%。通过序列比对分析,发现有22个SNP位点来源于蔷薇科植物(与玫瑰同科),其中来源于野草莓的基因最多(8个),另有15个SNP位点所在的EST序列与某些软体动物门物种的基因具有较高同源性。【结论】NCBI中的玫瑰EST数据库数据庞大,足够发掘出大量的SNP标记,使得以EST-SNP对蔷薇科玫瑰等植物进行品种鉴定、分类、遗传多样性分析具有可行性。

分类号： S685.12

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