基于本地BLAST的高通量引物设计R包(LightPrimer)及其应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 熊亚俊

作者： 熊亚俊;陈伊洁;邹娟;张帆

作者机构：

关键词： 本地BLAST;高通量;引物设计;R语言

期刊名称： 中国油料作物学报

ISSN： 1007-9084

年卷期： 2022 年 44 卷 005 期

页码： 1130-1138

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一,当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足.本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件(LightPrimer).该软件通过序列信息从基因组当中提取特定序列,进行片段化处理,然后将片段与基因组进行本地BLAST比对,通过序列特异性指数和比对位点数筛选高特异性片段,然后对Tm值、GC含量、扩增片段长度、引物长度、引物3'末端匹配、末端GC碱基和引物二聚体进行筛选,得到候选引物列表,并通过序列评价诊断图为引物优化提供参考.该软件具有高通量、操作简便、跨平台、开源等特点,可为现有引物设计软件提供有益补充.软件可从github下载(https://github.com/YangtzeSoyGDB/LightPrimer.git).

分类号： Q81

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