基于RNA-seq技术的江鳕转录组SSR位点信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孟玮

作者： 孟玮;蒋艳琳;张林;杨天燕;周剑光

作者机构：

关键词： 江鳕(Lota lota);转录组;RNA-seq;SSR;位点信息

期刊名称： 淡水渔业

ISSN： 1000-6907

年卷期： 2019 年 006 期

页码： 10-14

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记.结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条.所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%.江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在.其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%.江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%.江鳕转录组SSR的片段长度从10~66 bp均有分布,大部分集中在10~24 bp,占SSR总数的87.24%.

分类号： S917.4

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