大口黑鲈EST-SNP标记开发及其与生长性状的相关性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李胜杰

作者： 李胜杰;白俊杰;赵荦;朱冰;朱新平

作者机构：

关键词： 大口黑鲈;转录组;SNP;遗传多样性;关联分析

期刊名称： 海洋渔业

ISSN： 1004-2490

年卷期： 2018 年 01 期

页码： 38-46

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探讨EST-SNP标记的有效性及其与大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状间的相关性,本研究采用RNA-seq技术进行大口黑鲈生长快个体和生长慢个体肌肉组织的转录组分析,分别检测到15 273和17 376个EST-SNP标记。采用Sna Pshot技术对其中75个EST-SNP标记在大口黑鲈生长性状极端群体中的EST-SNP进行多态性检测,结果显示有37个EST-SNP标记具有多态性,准确性为49.3%。进一步采用一般线性模型分析37个EST-SNP标记与大口黑鲈生长性状的相关性,结果表明:CL1452.Contig9_All-847位点的CC基因型在体质量、全长和尾柄长3个性状的均值都显著高于TT基因型(P<0.05),CC型在体高、头长中的均值都比CT和TT型的均值高,但差异未达到显著水平(P>0.05),其它位点不同基因型个体间的生长性状均不存在显著差异(P>0.05)。其中10个EST-SNP标记在大口黑鲈"优鲈1号"群体中的平均观测杂合度(Ho)和平均多态(PIC)信息含量分别为0.459和0.356,表明大口黑鲈"优鲈1号"群体具有较丰富的遗传多样性。CL1452.Contig9_All-847位点与生长性状显著相关(P<0.05),可用于大口黑鲈分子标记辅助育种。

分类号： S917.4

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