芭蕉芋和美人蕉全基因组Survey分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 江思容

作者： 江思容;夏志强;张辰笈;赵龙;鲍宇婷;付瑜华;杨龙;罗春芳;饶萍;欧珍贵;邹枚伶

作者机构： 海南大学热带作物学院;贵州省亚热带作物研究所

关键词： 芭蕉芋;美人蕉;基因组Survey分析;基因组大小;杂合度

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 20 卷 003 期

页码： 765-771

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 芭蕉芋是一种富含淀粉的具有较高经济价值的多用途作物,而美人蕉属于常见的草本园艺观赏植物,虽然两个物种用途广泛,但是它们的分子机制研究一直没有重要突破.为了加速两者分子育种的发展,本研究利用高通量测序技术对芭蕉芋和美人蕉进行Survey分析,通过生物信息学分析,完成了芭蕉芋和美人蕉全基因组特征评估,获得了基因组大小、杂合度以及GC含量等信息,基于两个基因组的特征比较分析结果完成了芭蕉芋基因组的初步组装.结果表明,通过对芭蕉芋和美人蕉进行高通量测序,分别得到139.30和68.10 Gb高质量的测序数据,总测序深度分别约为140 x和68 x,估算的基因组大小分别约为844.90和836.88 Mb;根据K-mer分析估算全基因组GC含量分别为39.14%和38.48%,杂合度分别为0.63%和1.50%.由此可知,芭蕉芋和美人蕉基因组均属于较为复杂的基因组.对芭蕉芋尝试初步组装后得到总长为555.60 Mb的基因组.本研究获得了芭蕉芋和美人蕉基因组大小和特征等信息,为芭蕉芋和美人蕉的分子育种研究提供了有价值的数据与思路,初步比较了芭蕉芋和美人蕉基因组特征的异同,为后续构建两者全基因组精细图谱以及比较图谱提供了理论基础.

分类号： S632.3`S682.22

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