基于simc1基因筛选3种尖塘鳢特异性SNP标记

文献类型： 中文期刊

第一作者： 樊佳佳

作者： 樊佳佳;马冬梅;朱华平;林明辉;苏换换;池金泉

作者机构：

关键词： 云斑尖塘鳢;线纹尖塘鳢;泛素化相互作用基序包含蛋白1;单核苷酸多态性;等位基因特异性PCR

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2022 年 41 卷 002 期

页码： 271-278

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了开发云斑尖塘鳢、线纹尖塘鳢及其杂交尖塘鳢种间特异性分子标记,选择泛素化相互作用基序包含蛋白1(sumo?interacting motif?containing protein 1,simc1)基因作为候选基因.利用该基因mRNA序列设计引物对P 1针对3种尖塘鳢基因组进行扩增,均扩增到893 bp的外显子序列.该序列在3种尖塘鳢种内个体间均未获得单核苷酸多态性(singe nucleotide polymorphisms,SNP)位点,但种间共存在21个SNP位点,其中有7个同义突变,14个错义突变.选择较容易设计引物的SNP15位点设计等位基因特异性PCR(allele specific PCR,AS?PCR)引物对P2和P3.利用这两对引物针对待测样品基因组进行扩增,若P2扩增出222 bp条带,而P 3无扩增条带,则样品为线纹尖塘鳢;若P 2无扩增条带,而P 3扩增出566 bp条带,则为云斑尖塘鳢;若P 2和P 3同时扩增出222 bp和566 bp条带,则为杂交尖塘鳢.通过对模板进行梯度稀释,检测P2和P3引物对灵敏度,结果表明,P2引物对检测的基因组最低浓度为5×10-4mg/L,P3引物对检测的基因组最低浓度为5×10-2 mg/L.3种尖塘鳢特异性SNP标记的开发及快速检测方法的建立,可为尖塘鳢种质资源鉴定及新品种培育等工作提供技术支撑.

分类号： S917.4

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