基于转录组测序的大豆体细胞胚诱导关键基因及代谢途径分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘鑫磊

作者： 刘鑫磊;薛永国;唐晓飞;曹旦;刘琦;朱梓菲;何雯瑾;栾晓燕

作者机构：

关键词： 大豆;体细胞胚;转录组测序;基因;DEGs;基础代谢途径

期刊名称： 大豆科学

ISSN： 1000-9841

年卷期： 2022 年 41 卷 005 期

页码： 536-545

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 大豆体细胞胚诱导再生途径是大豆再生体系的重要途径之一,为了挖掘大豆体细胞胚诱导下多个发育阶段不同部位的差异表达基因,进而分析其与诱导率相关的生物学过程,本研究以大豆品种黑农84幼胚子叶诱导体细胞胚产生过程中3个不同阶段(0,15,30 d)的外植体为材料,对幼胚子叶的近轴面、远轴面及体细胞胚进行转录组测序.测序获得大豆体细胞胚诱导相关的差异表达基因(DEGs).根据GO和KEGG筛选和富集各阶段的差异基因,挖掘体细胞胚诱导相关的重要基因,分析主要生物代谢通路(Pathway)并绘制显著性Pathway的作用网络,进而分析细胞胚诱导发育过程中的主要代谢通路.结果表明:体细胞胚诱导发育3个阶段的4个比较组中共同上调或下调表达的DEGs有19个,3个比较组中共同上调或下调表达的DEGs有142个,体细胞胚诱导发育3个阶段的DEGs主要集中在激素诱导、光合作用、氧化还原、转录调控和信号传导等生物学过程.合成代谢途径的富集分析发现DEGs主要富集于代谢途径、次生代谢产物的生物合成、植物激素信号转导、核糖体、光合作用途径等生物代谢合成通路.代谢通路互作关系分析表明基础代谢途径处于体细胞胚诱导发育的核心位置.

分类号：

  • 相关文献

[1]植物体细胞胚发生过程中基因表达的研究进展. 陈洁,王颖,李辉亮,彭世清. 2008

[2]转录组测序分析猪胚胎附植的中期和后期卵巢差异表达基因. 付言峰,李兰,赵为民,方晓敏,李碧侠,王学敏,周李生,任守文. 2018

[3]大豆体细胞胚诱导再生的影响因素和相关基因的研究进展. 薛永国,刘鑫磊,曹旦,栾晓燕. 2018

[4]大豆黑农84体细胞胚诱导与再生条件的建立与优化. 薛永国,刘鑫磊,唐晓飞,曹旦,栾晓燕. 2020

[5]大豆突变体库构建研究进展. 张小明,薛永国. 2016

[6]大豆体细胞胚胎组织培养及遗传转化研究进展. 何禹璇,郭东全,钱雪艳,杨向东,李闯,董英山,王丕武. 2013

[7]基因枪法将GmDREB基因导入大豆的研究. 王萍,郭永来,高世庆,马有志,程宪国,李文滨. 2007

[8]基因枪法转化大豆未成熟子叶影响因素的研究. 王萍,李倩,王罡,冯远航,季静,王恩旭,邱丽娟. 2013

[9]高渗处理对不同基因型大豆未成熟子叶基因枪法转化效果的影响. 王萍,徐娜,王罡,钟影,季静,王恩旭,邱丽娟. 2013

[10]适于体细胞胚发生的大豆基因型筛选. 王鹏飞,刘丽君,唐晓飞,魏崃,吴广锡,王兴宇. 2013

[11]不同蛋白含量大豆籽粒的转录组分析及蛋白合成相关基因预测. 张黎杰,刘书华,周玲玲. 2022

[12]基于转录组测序技术挖掘大豆蛋白质合成相关基因. 郭静文,史晓蕾,刘茜,赵青松,邸锐,刘兵强,闫龙,王凤敏,张孟臣,赵宝华,杨春燕. 2019

[13]大豆抗胞囊线虫4号小种转录组测序及分析. 吴书峰,王志,乔治军,张瑞军,张海平. 2016

[14]大豆遗传转化的研究进展及在农业上的应用. 冯涛,孙聪姝,刘丽君,祖伟,韩天富. 2008

[15]大豆抗胞囊线虫病种质rhg_1和Rhg_4位点的单核苷酸多态性(SNPs). 邱丽娟,常汝镇,王文辉,Perry Cregan,Dechun Wang,Yiwu Chen,马凤鸣. 2003

[16]大豆GmTAW1基因的全基因组鉴定和分析. 陈华涛,陈新,顾和平,张红梅,袁星星,崔晓艳. 2014

[17]大豆遗传转化技术在转基因大豆研究中的应用. 王振华,杨德光,张辉,胡正. 2010

[18]不含SBT1-A1@2@的基因导入我国大豆的遗传表达. 丁安林,杜文卿,常汝镇. 1990

[19]大豆耐盐碱研究进展. 朱治佳,袁明,韩冬伟,张笛,王振,孙浩月,王淑荣,王连霞. 2023

[20]转基因大豆光合特性及农艺性状变化的研究初报. 高明杰,吴俊江,刘丽君,汪庆胤,黄永芬. 2000

作者其他论文 更多>>

微信小程序