木本高山花卉马缨杜鹃的全基因组扫描分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张露

作者： 张露;李世峰;宋杰;解玮佳;彭绿春;李树发;王继华

作者机构：

关键词： 马缨杜鹃;基因组大小;杂合率;GC含量;重复序列

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2018 年 01 期

页码： 326-331

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究采用高通量测序技术(Illumina Hiseq ~(TM)2000)首次对世界名贵园林花卉马缨杜鹃(Rhododendron delavayi)进行了基因组大小的测定,并评估了马缨杜鹃的GC含量、杂合率和序列重复度等信息参数,为马缨杜鹃全基因组测序策略的选择提供了有据参考。全基因组扫描结果如下:马缨杜鹃的基因组大小约为698 Mb,杂合率较高约为1.25%,GC含量约为39%,且具有一定的基因组序列重复度。研究表明:马缨杜鹃的全基因组测序分析不宜采用全基因组鸟枪法(WGS),可尝试WGS与fosmid或BAC-to-BAC相结合的测序策略,亦或采用杂合组装软件进行序列拼装,以提高全基因组序列的拼装质量。

分类号： S685.21

  • 相关文献

[1]裸花紫珠基因组调研及SSR特征分析. 于福来,黄梅,张影波,陈振夏,庞玉新,谷陟欣,李伟,吴友根. 2019

[2]甘薯属耐盐植物马鞍藤基因组大小及特征分析. 霍恺森,赵冬兰,陈艳丽,周志林,王珧,唐君,朱国鹏,曹清河. 2019

[3]昆虫基因组组装大小偏差的原因解析. 丛宇阳,贺康,舒润国,程梓淇,陈昊,王亚琴,李飞. 2021

[4]梨阿太菌果腐病菌(Athelia bombacina)单核化菌丝制备及其致病力评价. 贾晓辉,张鑫楠,杜艳民,周如军,王文辉,傅俊范. 2021

[5]宽杯杜鹃贮藏花粉特性及其与马缨杜鹃杂交的应用评价. 韩聪,杨秀梅,彭绿春,张露,宋杰,徐红林,解玮佳. 2018

[6]不同生长时期马缨杜鹃光合特性的变化及其主要影响因素. 蔡艳飞,彭绿春,宋杰,张露,解玮佳,瞿素萍. 2022

[7]马缨杜鹃离体叶片高效再生不定芽及其组织细胞学研究. 田歌,彭绿春,瞿素萍,王继华,赵正雄,李世峰,解玮佳,关文灵. 2020

[8]DNA模板中发卡结构对定量PCR扩增的影响. 范慧君,王静,梁兴国. 2018

[9]植物基因组内含子与mRNA相互作用的保守性特征. 张强,赵小庆,薄素玲,曹艳娟,苏文霞. 2021

[10]金鱼密码子用法特点分析. 张欣,尤宏争,李荣妮,朱莉飞,李文通,梁拥军,史东杰,孙砚胜. 2017

[11]鲤和斑马鱼HOX基因家族同义密码子使用偏性的分析. 周丹,薛仁余,张晓峰,杜科,马吉敏,顾颖,孙效文. 2013

[12]陆地棉叶绿体基因组密码子使用偏性的分析. 尚明照,刘方,华金平,王坤波. 2011

[13]文心兰叶绿体基因组密码子使用的相关分析. 李冬梅,吕复兵,朱根发,操君喜,孙映波,刘海林,王真. 2012

[14]稻瘟菌Magnaporthe oryzae P-ATPases基因家族分析. 郭士伟,李万昌,彭陈,袁玖辰,方先文,张云华. 2012

[15]玉米同义密码子使用偏性分析. 于金海. 2010

[16]鲤鱼和斑马鱼同义密码子使用偏性分析. 张晓峰,孙效文. 2010

[17]五种鲟鱼线粒体控制区异质性和系统发育分析. 王巍,朱华,胡红霞,田照辉,董颖. 2009

[18]小麦条锈菌一个中度重复DNA序列家族的鉴定. 张耕耘,单卫星,李振岐,吴立人. 1997

[19]我国小麦条锈菌模式菌系的DNA指纹分析. 陈受宜,惠东威,吴立人,李振岐. 1996

[20]木贼镰孢菌D25-1全基因组序列的测定及结构分析. 李雪萍,李建宏,漆永红,郭成,李潇,李敏权. 2019

作者其他论文 更多>>

微信小程序