梨几丁质酶基因克隆及其生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李伟阳

作者： 李伟阳;曾斌;李疆;田嘉;李秀根;王苏珂

作者机构：

关键词： 梨;几丁质酶;Lchi1基因;生物信息学

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2015 年 31 卷 09 期

页码： 184-193

收录情况： CSCD

摘要： 对克隆获得的梨几丁质酶基因Lchi1进行生物信息学分析,从而为该基因的功能鉴定提供理论基础,以期为梨的抗病育种提供基因来源。根据Genbank中已克隆得到的几丁质酶基因保守区,在梨基因组数据库中进行Blast比对,调取DNA序列,从而设计引物,以高抗腐烂病品种‘小香水’(Pyrus ussuriensis cv.Xiaoxiangshui)为研究材料,克隆获得梨几丁质酶Lchi1基因c DNA全长,并对其进行初步的生物信息学分析。梨基因组数据库中调取的DNA序列2535 bp,含有3个外显子区、2个内含子区。Lchi1基因全长1300 bp,编码322个氨基酸,其蛋白的分子式为C1607H2407N415O468S17,分子量为35573.3 Da,理论等电点为7.10。二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,三级结构具有高度保守性。Lchi1编码蛋白为可溶性胞外蛋白,存在少量的潜在磷酸化位点,属于糖苷水解酶19家族,含有N-端信号肽,但是缺乏几丁质结合区。Lchi1基因属于CLASSⅡ几丁质酶基因,与其他科属植物的几丁质酶基因相似性均较高。

分类号： Q943.2

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