基于液相芯片"黄海芯1号"55K SNP信息开展凡纳滨对虾收获体重的ssGWAS和FarmCPU分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 夏岩

作者： 夏岩;孔杰;王平;傅强;罗坤;陈宝龙;隋娟;周浩;孟宪红;代平;曹家旺;谭建;强光峰;刘绵宇;栾生

作者机构：

关键词： 凡纳滨对虾;ssGWAS;FarmCPU;体重;显著关联SNP位点

期刊名称： 水产学报

ISSN： 1000-0615

年卷期： 2024 年 48 卷 012 期

页码： 40-50

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为鉴定出与凡纳滨对虾生长性状相关的SNP位点和功能基因,本研究针对来自具有快速生长特性的选育和引进品系共 74 个家系进行生长和存活测试,利用液相芯片"黄海芯 1 号"(55K SNP)对其中 39 个家系个体进行高通量基因分型,通过ssGBLUP方法估计了体重性状的基因组遗传参数,并首次利用ssGWAS和FarmCPU方法解析了可能与其关联的SNP位点及功能基因.遗传参数估计结果显示,收获体重的遗传力为 0.47,表现为中高水平,表明该群体具有较大的遗传改良潜力.ssGWAS和FarmCPU分析结果显示,两种方法分别筛选到了 2 个和 6 个全基因组水平显著关联SNP位点(P<1.26×10-6),表型变异解释率为 2.71%~6.76%,其中共有位点 1 个;分别筛选到 9 个和 14 个全基因组水平潜在显著关联的SNP位点(P<2.523×10-5),表型变异解释率为 1.33%~6.76%;QQ图显示,Farm-CPU较ssGWAS能够更好地控制分析结果的假阳性.根据 7 个显著关联的SNP位点注释到 15 个候选基因,与神经系统、肌肉发育和能量代谢等功能有关.其中基于两种方法共有显著关联位点注释到 2 个基因LOC113809777 与LOC113809778,前者为促进糖原分解的水解酶,后者作为转录调控因子,与基因表达调控相关.研究表明,基于液相芯片"黄海芯 1 号"55K SNP信息,利用ssGWAS和FarmCPU方法,可以筛选出与凡纳滨对虾收获体重显著关联的SNP位点,研究结果为解析生长性状的遗传基础提供了重要参考.

分类号： S917.4

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