南五味子属叶绿体基因组密码子偏好性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘涛

作者： 刘涛;尹登攀;金吉芬;彭志军;李兴忠;汪得凯

作者机构：

关键词： 南五味子属;叶绿体基因组;偏好性;最优密码子

期刊名称： 西北林学院学报

ISSN： 1001-7461

年卷期： 2023 年 38 卷 005 期

页码： 102-109

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探究南五味子属植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及影响因素,利用 Codon W 1.4.2、CUSP及EMBOSS等程序,进行中性绘图、ENC-plot及PR2-plot绘图分析.结果表明,南五味子属 4 个物种的叶绿体基因组密码子总体偏性较弱,只有rps14 的 ENC值小于 40;物种间的密码子参数高度保守,GC2 对ENC影响较大;有 31 个密码子 RSCU 大于 1,均以 A/U 结尾;自然选择在 4 个物种叶绿体基因组同义密码子使用偏性中发挥主导作用;南五味子属 4 个物种中分别确定了 18、17、16 和 18 个最优密码子,共有的最优密码子有 14 个;在ΔRSCU>0.5 的高频密码子中,仅有编码半胱氨酸(Cys)的UGU为共有最优密码子.表明南五味子属 4 个物种间密码子偏好性较保守,自然选择是影响密码子偏好性的主要因素.研究结果为南五味子属物种鉴定、保护和遗传改良提供了基础.

分类号： S796

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