谷子生长调节因子互作因子基因家族生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张立全

作者： 张立全;张浩林;李丛丛;魏建华;张杰伟

作者机构：

关键词： 谷子;生长调节因子互作因子;基因家族;进化分析

期刊名称： 福建农业学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 008 期

页码： 878-883

收录情况： CSCD

摘要： 【目的】生长调节因子互作因子（GRF-interacting factor,GIF）是植物体内一类转录共激活因子,在植物生长发育和逆境胁迫中起重要作用。通过系统分析谷子GIF基因家族的组成、各成员的结构以及进化关系,为GIF基因调节机制研究提供参考。【方法】利用谷子基因组数据库,采用生物信息学的方法,鉴定谷子GIF基因家族的基因结构、染色体定位,编码蛋白相似性、二级结构、跨膜区和磷酸化位点预测,通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】谷子含有3个GIF基因,均含有4个外显子,分布于第3、8和9号染色体上。编码SiGIF1蛋白和SiGIF2蛋白相似性最高,为72.04%,SiGIF1蛋白和SiGIF3蛋白相似性最低,为37.08%。二级结构分析显示,谷子GIF蛋白无规则卷曲占比最高（41.56%～56.60%）,其次为α-螺旋（34.43%～35.50%）,再次为β-转角（5.19%～11.69%）,β-折叠最低（3.23%～11.26%）。TMHMM跨膜区进行分析显示,谷子GIF蛋白均不含有跨膜区。MEME保守基序分析显示,谷子GIF蛋白均含有保守的SSXT （PF05030）结构域。磷酸化位点预测分析表明谷子GIF蛋白均含有潜在磷酸化位点。【结论】谷子GIF基因家族的基因结构、磷酸化位点预测等生物信息学分析结果将为揭示谷子GIF基因家族在谷子生长发育过程中的功能提供重要的线索。

分类号： S515

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