猪传染性胃肠炎病毒分离株JS2012全基因组序列分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郭容利

作者： 郭容利;李彬;范宝超;温立斌;茅爱华;周萍;何孔旺

作者机构：

关键词： 猪传染性胃肠炎病毒(TGEV);全基因组;序列分析

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2016 年 32 卷 06 期

页码： 1351-1358

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 设计32对PCR引物分片段扩增猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)江苏分离株JS2012全基因组,扩增产物克隆到p MD19-T载体并测序。用DNAstar软件将JS2012全基因组序列与Gen Bank中其他13株TGEV株和猪呼吸道冠状病毒(PRCV-ISU-1)序列进行比对以及同源性分析,并绘制基因进化树。JS2012基因组序列全长28 542 bp,不包括poly A。基因组的排列为TGEV典型的基因排列序:5'-ORF1a-ORF1b-S-3a-3b-E-M-N-7-3'。TGEV JS2012株的ORF3基因和Miller组病毒一样有2个大片段的缺失。JS2012的S基因和Miller M6以及Virulent Purdue 2个强毒株有同样的序列特征。除Virulent Purdue外,其余Purdue株在1 123~1 128 bp处均有6 bp的缺失,JS2012与所有Miller株及Virulent Purdue一样,此处没有缺失。JS2012与其他TGEV毒株之间的碱基序列同源性为98.6%~99.9%,与Miller M6的碱基序列同源性最高,亲缘关系最近,同属于Miller组,与Purdue组相对较远。

分类号： S858.28

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