三疣梭子蟹基因组小卫星特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 宋来鹏

作者： 宋来鹏;刘萍;李健;刘振辉

作者机构：

关键词： 三疣梭子蟹;基因组;重复序列;小卫星

期刊名称： 水产学报

ISSN： 1000-0615

年卷期： 2008 年 32 卷 06 期

页码： 24-32

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过构建三疣梭子蟹部分基因组文库,对获得的4164个克隆测序,共获得总长度为622409bp的DNA序列。在序列拼接后长度500~1500bp的709个克隆中,筛选到130个小卫星序列,其序列总长度占测序序列总长度的2.55%。小卫星序列中,以12bp重复单位的序列数量最多(10.77%),总体趋势表现为重复单位越长,相应的重复序列数目越少(R=-0.663,P<0.01)。小卫星重复单位拷贝数分布范围以8bp重复单位最广为3.9~66.5;其次是13bp重复范围在2.0~40.6;再次是26bp重复,范围在2.3~21.0。平均拷贝数最高的三种重复类型分别为8bp重复(19.96),25bp重复(16.00)和22bp重复(15.85)。小卫星序列中各重复单位的拷贝数分布范围2~66.5,集中分布在2~25,且表现为拷贝数目越大,其相应的重复序列数目越低的趋势。130个重复序列分别由123种重复单位所组成,因而小卫星重复序列的类型很多。初步分成三类:2种碱基组成类别、3种碱基组成类别和4种碱基组成类别,并进一步根据各个重复序列中所含有的碱基种类的数量从大到小排列这些碱基而分成若干小类。从这些分类中可以看出,三疣梭子蟹基因组中的小卫星整体上是富含A/T的重复序列,并揭示了其与微卫星重复序列之间的关系,即一部分小卫星重复序列可能起源于微卫星序列。

分类号： S917.4

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