普通烟草LBD基因家族的全基因组序列鉴定与表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孙亭亭

作者： 孙亭亭;龚达平;张磊;陈雅琼;赵维;向小华;孙玉合

作者机构：

关键词： 普通烟草;LBD基因家族;系统进化;基因表达

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2016 年 17 卷 02 期

页码： 316-325

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： LBD是一类具有LOB(lateral organ boundaries)结构域的基因家族,在植物发育过程中起到非常重要的作用。采用生物信息学方法,根据拟南芥LBD基因序列鉴定了普通烟草基因组中的LBD基因,并对家族成员进行了序列特征、系统发育和表达谱分析。结果表明:普通烟草基因组中共有98个LBD基因成员,其基因结构相对简单,一般含有1~3个外显子。LBD基因家族可分成I和II两大类,两类均含有CX_2CX_6CX_3C保守结构域,但II类不含有LX_6LX_3LX_6L形成的"卷曲螺旋"二级结构,根据与拟南芥LBD蛋白构建的系统发育树则可细分成5个亚家族(Ia、Ib、Ic、Id和II)。将LBD基因与表达序列标签(EST)比对,发现36个基因有EST证据;EST、芯片数据和转录组数据分析表明:LBD基因具有不同的组织表达模式,部分基因表现出组织特异性。这些研究结果为普通烟草LBD基因家族功能的深入研究奠定了基础。

分类号： S572

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