奶牛HSF1基因可变剪接体克隆及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 齐颖

作者： 齐颖;张一名;赵梦芸;黄美琦;郭月美;储明星;李秋玲

作者机构：

关键词： 奶牛;热休克转录因子1基因(HSF1);可变剪接;热应激;生物信息学

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN： 1674-7968

年卷期： 2021 年 29 卷 009 期

页码： 1722-1732

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 热休克转录因子1(heat shock transcription factor 1,HSF1)是启动热休克蛋白基因表达的重要转录因子,对其进行深入研究有助于阐明HSF1对热应激反应的调控机制.本研究采用反转录PCR(reverse transcription-PCR,RT-PCR)技术对中国荷斯坦奶牛(Bos taurus)HSF1基因全长CDS进行克隆,并采用生物信息学技术分析其编码蛋白的生物学特性.结果显示,奶牛HSF1基因的3种剪接体被成功克隆,即HSF1-AS1(GenBank No.MW401766)、HSF1-AS2(GenBank No.XM_005215151.4)和HSF1-AS3(GenBank No.MW401767),剪接方式分别为外显子跳跃、内含子保留和可变的3'端位点.开放阅读框分析发现,HSF1的3种剪接体分别编码311、553和517个氨基酸.对本实验室前期的乳腺组织RNA-seq数据进行分析,结果显示,HSF1-AS2剪接体表达量最高(P<0.01),HSF1-AS1表达量最低(P<0.01).qRT-PCR检测结果显示,热应激使乳腺上皮细胞HSF1-AS1和HSF1-AS2表达水平显著上调.对剪接因子结合位点进行分析,发现HSF1基因第11外显子的SNP(18959 C>T)恰巧处于一个潜在的外显子剪接增强子(exonic splicing enhancer,ESE)区域,可能与HSF1-AS3的形成有关.基因进化分析发现,牛HSF1氨基酸序列与山羊(Capra hircus)同源性较高.本研究为深入阐明HSF1基因表达调控机制提供参考依据.

分类号： S823.9+1

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