西瓜嗜酸菌tatB基因生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 蒋洁

作者： 杨玉文;王铁霖;杨姗姗;赵廷昌

作者机构：

关键词： 西瓜嗜酸菌;tatB基因;生物信息学分析

期刊名称： 中国瓜菜

ISSN： 1673-2871

年卷期： 2014 年 27 卷 04 期

页码： 6-9+13

收录情况： 北大核心

摘要： 为了解西瓜嗜酸菌(Acidovorax citrulli)双精氨酸转运系统(Twin-arginine translocation system,Tat)关键基因tatB的生物信息学信息,利用相关软件对西瓜嗜酸菌和其他7种革兰氏阴性菌的TatB蛋白进行理化性质分析,氨基酸序列分析以及遗传距离分析;同时对西瓜嗜酸菌TatB蛋白的疏水性、跨膜结构域以及三级结构模型进行了预测。结果表明,西瓜嗜酸菌TatB的理化性质和洋葱布克氏菌(Burkholderia cenocepacia)更加接近,水稻白叶枯病菌TatB理化性质与其他6种细菌的相差较远;西瓜嗜酸菌TatB蛋白遗传关系与水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae)的最远,与洋葱酸皮病菌以及茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)的较为接近;预测西瓜嗜酸菌TatB蛋白有3个区域的疏水性比较高,在氨基酸序列的2~18位以及100~106位有2个跨膜区域,其三级结构可能为"L"型。对西瓜嗜酸菌tatB基因进行基本生物信息学分析,丰富了其生物信息学资料,有助于对西瓜嗜酸菌的致病机制进行深入研究,为以后选育抗病品种以及研发特异性的新药提供依据。

分类号： S436.5

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