猴面花miRNA及靶基因的生物信息学预测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李崇奇

作者： 李崇奇;沈文涛;言普;黎小瑛;周鹏

作者机构：

关键词： 猴面花;miRNA;基因组序列;转录因子

期刊名称： 贵州农业科学

ISSN： 1001-3601

年卷期： 2015 年 01 期

页码： 8-12+15

收录情况： 北大核心

摘要： 以猴面花基因组序列为试材,通过psRobot网站进行茎环结构预测,应用blast-2.2.27+软件与rfam数据库和pfam数据库比对后去除非miRNA序列,应用bioedit分析miRNA序列及前体序列的碱基组成特点。结果表明:猴面花基因组中共发现105条成熟miRNA序列,分别属于49个不同miRNA家族;miRNA序列和其侧翼序列都存在碱基偏倚现象,miRNA5′端第1碱基和第19碱基尿嘧啶和胞嘧啶出现的频率分别为67.6%和49.5%;93个miRNA预测到了靶基因,其中有64个靶向转录因子。

分类号： S68

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